| 1 | Parque Natural Municipal das Araras | 13.553.345 km² |
| 2 | Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de Trindade e Martim Vaz | 403.847 km² |
| 3 | Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | 384.127 km² |
| 4 | Reserva da Biosfera do Pantanal | 251.569 km² |
| 5 | Terra Indígena do Vale do Javari | 85.445 km² |
| 6 | Terra Indígena Alto Rio Negro | 79.990 km² |
| 7 | Monumento Natural das Ilhas de Trindade e Martim Vaz e do Monte Colúmbia | 67.681 km² |
| 8 | Monumento Natural das Ilhas de Trindade, Martim Vaz e do Monte Columbia | 67.680 km² |
| 9 | Monumento Natural do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | 47.192 km² |
| 10 | Área de Proteção Ambiental do Arquipélago do Marajó | 45.248 km² |
| 11 | Estação Ecológica do Grão Pará | 41.935 km² |
| 12 | Parque Nacional Montanhas do Tumucumaque | 38.353 km² |
| 13 | Floresta Estadual do Paru | 36.100 km² |
| 14 | Estação Ecológica da Terra do Meio | 33.731 km² |
| 15 | Terra Indígena Kayapó | 32.840 km² |
| 16 | Floresta Estadual do Trombetas | 31.436 km² |
| 17 | Floresta Estadual do Trombetas | 31.436 km² |
| 18 | Floresta Estadual do Paru | 30.509 km² |
| 19 | Área de Proteção Ambiental Tapuruquara | 30.425 km² |
| 20 | Área de Proteção Ambiental das Reentrâncias Maranhenses | 26.338 km² |
| 21 | Terra Indígena Waimiri Atroari | 25.859 km² |
| 22 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Cujubim | 24.219 km² |
| 23 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável da Barra do Una | 24.219 km² |
| 24 | Parque Nacional do Jaú | 23.779 km² |
| 25 | Floresta Estadual do Amapá | 23.703 km² |
| 26 | Floresta Estadual do Amapá | 23.701 km² |
| 27 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Amanã | 23.035 km² |
| 28 | Parque Nacional do Pico da Neblina | 22.200 km² |
| 29 | Área de Proteção Ambiental do Tapajós | 20.403 km² |
| 30 | Parque Nacional do Juruena | 19.566 km² |
| 31 | Floresta Nacional do Amazonas | 19.442 km² |
| 32 | Parque Estadual Serra do Aracá | 18.703 km² |
| 33 | Parque Nacional Mapinguari | 17.769 km² |
| 34 | Área de Proteção Ambiental Triunfo do Xingu | 16.796 km² |
| 35 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Xeriuni | 16.717 km² |
| 36 | Área de Proteção Ambiental Xeriuini | 16.717 km² |
| 37 | Área de Proteção Ambiental Ilha do Bananal/Cantão | 15.700 km² |
| 38 | Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | 15.647 km² |
| 39 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Xeriuini | 15.212 km² |
| 40 | Floresta Nacional do Iquiri | 14.726 km² |
| 41 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá | 13.199 km² |
| 42 | Floresta Nacional do Jamanxim | 13.015 km² |
| 43 | Reserva Extrativista Verde Para Sempre | 12.893 km² |
| 44 | Área de Proteção Ambiental Lago de Sobradinho | 12.356 km² |
| 45 | Reserva Biológica de Maicuru | 11.732 km² |
| 46 | Área de Proteção Ambiental do Rio Preto | 11.469 km² |
| 47 | Parque Nacional da Amazônia | 10.849 km² |
| 48 | Floresta Nacional de Balata-Tufari | 10.800 km² |
| 49 | Área de Proteção Ambiental Dunas e Veredas do Baixo Médio São Francisco | 10.249 km² |
| 50 | Área de Proteção Ambiental Ilhas e Várzeas do Rio Paraná | 10.052 km² |
| 51 | Parque Nacional do Albardão | 10.042 km² |
| 52 | Floresta Nacional de Pau-Rosa | 9.846 km² |
| 53 | Área de Proteção Ambiental Chapada do Araripe | 9.726 km² |
| 54 | Parque Nacional dos Campos Amazônicos | 9.613 km² |
| 55 | Reserva Biológica do Uatumã | 9.386 km² |
| 56 | Reserva Extrativista Chico Mendes | 9.310 km² |
| 57 | Área de Proteção Ambiental de Upaon-Açu / Miritiba / Alto Preguiças | 9.228 km² |
| 58 | Mosaico do Espinhaço | 9.100 km² |
| 59 | Parque Nacional do Acari | 8.964 km² |
| 60 | Floresta Estadual de Tapauá | 8.814 km² |
| 61 | Floresta Estadual de Tapauá | 8.814 km² |
| 62 | Parque Estadual Marituba | 8.814 km² |
| 63 | Floresta Nacional de Tefé | 8.651 km² |
| 64 | Parque Nacional do Jamanxim | 8.598 km² |
| 65 | Reserva Extrativista Rio Unini | 8.497 km² |
| 66 | Reserva Extrativista do Rio Unini | 8.497 km² |
| 67 | Área de Proteção Ambiental Pouso Alto | 8.395 km² |
| 68 | Parque Nacional da Serra do Divisor | 8.362 km² |
| 69 | Estação Ecológica Juami-Japurá | 8.315 km² |
| 70 | Parque Nacional da Serra das Confusões | 8.238 km² |
| 71 | Parque Nacional Nascentes do Lago Jari | 8.127 km² |
| 72 | Cué-cué/Marabitanas Indigenous Territory | 8.090 km² |
| 73 | Parque Estadual Sucunduri | 7.962 km² |
| 74 | Parque Estadual Verde Grande | 7.962 km² |
| 75 | Reserva Extrativista Ituxí | 7.763 km² |
| 76 | Parque Estadual de Mirador | 7.668 km² |
| 77 | Parque Nacional de Pacaás Novos | 7.648 km² |
| 78 | Reserva Extrativista do Cazumbá-Iracema | 7.557 km² |
| 79 | Floresta Nacional do Aripuanã | 7.513 km² |
| 80 | Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba | 7.498 km² |
| 81 | Terra Indígena Enawenê-Nawê | 7.421 km² |
| 82 | Floresta Nacional do Crepori | 7.404 km² |
| 83 | Reserva Extrativista Riozinho do Anfrísio | 7.370 km² |
| 84 | Floresta Nacional Altamira | 7.255 km² |
| 85 | Floresta Nacional de Altamira | 7.255 km² |
| 86 | Estação Ecologica Serra Geral do Tocantins | 7.071 km² |
| 87 | Parque Estadual Chandless | 6.930 km² |
| 88 | Floresta Nacional do Amaná | 6.827 km² |
| 89 | Reserva Extrativista Tapajós-arapiuns | 6.773 km² |
| 90 | Reserva Extrativista Tapajós Arapiuns | 6.742 km² |
| 91 | Terra Indígena Zoé | 6.690 km² |
| 92 | Estação Ecológica Alto Maués | 6.668 km² |
| 93 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itapará - Boiaçu | 6.228 km² |
| 94 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itã-Boiaçu | 6.228 km² |
| 95 | Reserva Biológica do Guaporé | 6.145 km² |
| 96 | Floresta Estadual de Faro | 6.140 km² |
| 97 | Floresta Estadual de Faro | 6.140 km² |
| 98 | Reserva Extrativista Freijó | 6.042 km² |
| 99 | Reserva Extrativista do Médio Purús | 6.042 km² |
| 100 | Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Juma | 5.808 km² |