| Parque Natural Municipal das Araras | parque natural municipal | Mato Grosso | 13.553.345 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de Trindade e Martim Vaz | Área de Proteção Ambiental | — | 403.847 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | Área de Proteção Ambiental | Natal | 384.127 km² |
| Reserva da Biosfera do Pantanal | reserva da biosfera | Goiás | 251.569 km² |
 Terra Indígena do Vale do Javari | terra indígena no Brasil | Amazonas | 85.445 km² |
 Terra Indígena Alto Rio Negro | terra indígena no Brasil | — | 79.990 km² |
| Monumento Natural das Ilhas de Trindade e Martim Vaz e do Monte Colúmbia | monumento natural | — | 67.681 km² |
 Monumento Natural das Ilhas de Trindade, Martim Vaz e do Monte Columbia | monumento natural | Vitória | 67.680 km² |
| Monumento Natural do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | monumento natural | Pernambuco | 47.192 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago do Marajó | Área de Proteção Ambiental | Cachoeira do Arari | 45.248 km² |
 Estação Ecológica do Grão Pará | Estação Ecológica | Oriximiná | 41.935 km² |
 Parque Nacional Montanhas do Tumucumaque | parque nacional | Pedra Branca do Amapari | 38.353 km² |
| Floresta Estadual do Paru | floresta estadual | Pará | 36.100 km² |
 Estação Ecológica da Terra do Meio | Estação Ecológica | Uruará | 33.731 km² |
 Terra Indígena Kayapó | terra indígena no Brasil | Pará | 32.840 km² |
| Floresta Estadual do Trombetas | floresta etadual | — | 31.436 km² |
| Floresta Estadual do Trombetas | floresta estadual | Pará | 31.436 km² |
| Floresta Estadual do Paru | floresta etadual | — | 30.509 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tapuruquara | Área de Proteção Ambiental | Santa Isabel do Rio Negro | 30.425 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Reentrâncias Maranhenses | Área de Proteção Ambiental | Bacuri | 26.338 km² |
 Terra Indígena Waimiri Atroari | terra indígena no Brasil | Roraima | 25.859 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Cujubim | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Jutaí | 24.219 km² |
 Reserva de Desenvolvimento Sustentável da Barra do Una | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Iguape | 24.219 km² |
 Parque Nacional do Jaú | parque nacional | Novo Airão | 23.779 km² |
| Floresta Estadual do Amapá | floresta estadual | Amapá | 23.703 km² |
| Floresta Estadual do Amapá | floresta etadual | — | 23.701 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Amanã | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Amazonas | 23.035 km² |
 Parque Nacional do Pico da Neblina | parque nacional | Santa Isabel do Rio Negro | 22.200 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Tapajós | Área de Proteção Ambiental | Itaituba | 20.403 km² |
 Parque Nacional do Juruena | parque nacional | Apiacás | 19.566 km² |
| Floresta Nacional do Amazonas | Floresta Nacional | Barcelos | 19.442 km² |
 Parque Estadual Serra do Aracá | parque natural | Barcelos | 18.703 km² |
 Parque Nacional Mapinguari | parque nacional | Porto Velho | 17.769 km² |
| Área de Proteção Ambiental Triunfo do Xingu | Área de Proteção Ambiental | São Félix do Xingu | 16.796 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Xeriuni | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Roraima | 16.717 km² |
| Área de Proteção Ambiental Xeriuini | Área de Proteção Ambiental | Caracaraí | 16.717 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilha do Bananal/Cantão | Área de Proteção Ambiental | Dois Irmãos do Tocantins | 15.700 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | Área de Proteção Ambiental | Roraima | 15.647 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Xeriuini | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | — | 15.212 km² |
 Floresta Nacional do Iquiri | Floresta Nacional | Lábrea | 14.726 km² |
 Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá | patrimônio natural | Tefé | 13.199 km² |
 Floresta Nacional do Jamanxim | Floresta Nacional | Itaituba | 13.015 km² |
| Reserva Extrativista Verde Para Sempre | Reserva Extrativista | Porto de Moz | 12.893 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Sobradinho | Área de Proteção Ambiental | Pilão Arcado | 12.356 km² |
 Reserva Biológica de Maicuru | Reserva Biológica | Almeirim | 11.732 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Preto | Área de Proteção Ambiental | Santa Rita de Cássia | 11.469 km² |
 Parque Nacional da Amazônia | parque nacional | Itaituba | 10.849 km² |
| Floresta Nacional de Balata-Tufari | Floresta Nacional | Canutama | 10.800 km² |