| Floresta Estadual de Faro | floresta estadual | Pará | 6.140 km² |
| Reserva Extrativista do Médio Purús | Reserva Extrativista | Lábrea | 6.042 km² |
| Reserva Extrativista Freijó | Reserva Extrativista | Machadinho d'Oeste | 6.042 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Juma | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Amazonas | 5.808 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Rio Iratapuru | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Laranjal do Jari | 5.808 km² |
| Reserva Extrativista Baixo Rio Branco Jauaperi | Reserva Extrativista | Amazonas | 5.806 km² |
| Reserva Extrativista Baixo Rio Branco-jauaperi | Reserva Extrativista | — | 5.806 km² |
| Reserva Extrativista Castanheira | Reserva Extrativista | Machadinho d'Oeste | 5.806 km² |
| Floresta Nacional de Jatuarana | Floresta Nacional | Amazonas | 5.697 km² |
| Floresta Nacional do Jatuarana | Floresta Nacional | — | 5.683 km² |
 Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Aturiá-Apuauzinho | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 5.683 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Tucurui | Área de Proteção Ambiental | Tucuruí | 5.682 km² |
| Parque Estadual Ambiental das Árvores Gigantes da Amazônia | parque estadual | — | 5.594 km² |
 Parque Nacional do Araguaia | parque nacional | Lagoa da Confusão | 5.555 km² |
 Parque Nacional do Rio Novo | parque nacional | Itaituba | 5.381 km² |
| Floresta Nacional de Urupadi | Floresta Nacional | Maués | 5.380 km² |
| Reserva Extrativista do Alto Juruá | Reserva Extrativista | — | 5.378 km² |
 Reserva Extrativista Alto Juruá | Reserva Extrativista | Acre | 5.377 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Cajari | Reserva Extrativista | — | 5.324 km² |
 Reserva Extrativista Rio Cajari | Reserva Extrativista | Amapá | 5.324 km² |
 Floresta Nacional de Tapajós | Floresta Nacional | Pará | 5.306 km² |
| Floresta Nacional do Tapajós | Floresta Nacional | — | 5.251 km² |
| Parque Estadual do Matupiri | parque estadual | Borba | 5.096 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Onça | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 5.057 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Planalto Central | Área de Proteção Ambiental | Planaltina | 5.034 km² |
| Floresta Estadual Sucunduri | floresta etadual | — | 4.811 km² |
| Floresta Estadual Sucunduri | floresta estadual | Amazonas | 4.811 km² |
| Floresta Nacional de Humaitá | Floresta Nacional | Humaitá | 4.732 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Cabeceiras do Rio Cuiabá | Área de Proteção Ambiental | Nobres | 4.732 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Direita do Rio Negro- Setor Paduari-Solimões | Área de Proteção Ambiental | Novo Airão | 4.617 km² |
| Floresta Nacional de Amapá | Floresta Nacional | Amapá | 4.604 km² |
| Floresta Nacional do Amapá | Floresta Nacional | — | 4.604 km² |
| Floresta Estadual Maúes | floresta etadual | — | 4.498 km² |
| Floresta Estadual Maúes | floresta estadual | Amazonas | 4.498 km² |
 Parque Nacional da Serra do Pardo | parque nacional | Altamira | 4.454 km² |
| Floresta Nacional de Saracá-Taquera | Floresta Nacional | Terra Santa | 4.413 km² |
| Floresta Estadual de Iriri | floresta etadual | — | 4.392 km² |
| Floresta Estadual de Iriri | floresta estadual | Pará | 4.392 km² |
| Terra Indígena Xikrin do Rio Catete | terra indígena no Brasil | — | 4.392 km² |
 Parque Nacional do Cabo Orange | parque nacional | Oiapoque | 4.377 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra da Mantiqueira | Área de Proteção Ambiental | Lavrinhas | 4.375 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Mar | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 4.197 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual da Escarpa Devoniana | Área de Proteção Ambiental | Sengés | 4.148 km² |
 Capivara-Confusões Ecological Corridor | área protegida do Brasil | Piauí | 4.120 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Presidente Figueiredo - Caverna do Moroaga | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 4.086 km² |
 Reserva Biológica do Rio Trombetas | Reserva Biológica | Oriximiná | 4.078 km² |
| Reserva Extrativista Rio Iriri | Reserva Extrativista | Altamira | 3.990 km² |
 Floresta Nacional de Itaituba II | Floresta Nacional | Itaituba | 3.978 km² |