| Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Rio Madeira | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Novo Aripuanã | 2.796 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juquerí-Mirim Área II | Área de Proteção Ambiental | Monte Alegre do Sul | 2.785 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Jutaí | Reserva Extrativista | Jutaí | 2.755 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 2.748 km² |
| Terra Indígena Arara | terra indígena no Brasil | Pará | 2.740 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cuesta Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | Dois Córregos | 2.727 km² |
 Reserva Biológica do Gurupi | Reserva Biológica | Centro Novo do Maranhão | 2.712 km² |
| Reserva Roosevelt | terra indígena no Brasil | Rondônia | 2.700 km² |
| Floresta Nacional de Anauá | Floresta Nacional | Rorainópolis | 2.594 km² |
 Parque Nacional Serra das Confusões | parque nacional | Piauí | 2.584 km² |
 Floresta Nacional do Trairão | Floresta Nacional | Rurópolis | 2.575 km² |
| Terra Indígena Balaio | área protegida do Brasil | — | 2.570 km² |
| Floresta Nacional de Purus | Floresta Nacional | Amazonas | 2.561 km² |
| Floresta Nacional do Purús | Floresta Nacional | — | 2.561 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sistema Cantareira | Área de Proteção Ambiental | Piracaia | 2.541 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Chapada dos Guimarães | Área de Proteção Ambiental | Chapada dos Guimarães | 2.534 km² |
 Mosaico de Unidades de Conservação do Jacupiranga | patrimônio natural | São Paulo | 2.439 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caminhos Ecológicos da Boa Esperança | Área de Proteção Ambiental | Cairu | 2.320 km² |
| Floresta Nacional de Santa Rosa do Purus | Floresta Nacional | Santa Rosa do Purus | 2.315 km² |
 Estação Ecológica do Jari | Estação Ecológica | Amapá | 2.311 km² |
 Parque Nacional Grande Sertão Veredas | parque nacional | Formoso | 2.308 km² |
 Parque Estadual do Cocó | parque estadual | Maracanaú | 2.299 km² |
 Parque Nacional Viruá | parque nacional | Roraima | 2.270 km² |
| Reserva Biológica do Abufari | Reserva Biológica | Tapauá | 2.239 km² |
| Reserva Extrativista da Baía do Tubarão | Reserva Extrativista | Icatu | 2.239 km² |
 Parque Estadual Igarapés do Juruena | parque estadual | Cotriguaçu | 2.238 km² |
| Floresta Nacional do Jamari | Floresta Nacional | Itapuã do Oeste | 2.222 km² |
| Floresta Nacional de Jacundá | Floresta Nacional | Porto Velho | 2.212 km² |
| Floresta Nacional de Mulata | Floresta Nacional | Alenquer | 2.163 km² |
| Floresta Estadual do Rio Gregório | floresta etadual | — | 2.161 km² |
| Floresta Estadual do Rio Gregório | floresta estadual | Acre | 2.161 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cuesta Guarani | Área de Proteção Ambiental | Anhembi | 2.146 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Rio Amapá | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Amazonas | 2.143 km² |
 Floresta Nacional de Itaituba I | Floresta Nacional | Itaituba | 2.131 km² |
 Reserva Extrativista Catuá-Ipixuna | Reserva Extrativista | Tefé | 2.123 km² |
| Reserva Extrativista Renascer | Reserva Extrativista | Prainha | 2.097 km² |
| Parque Estadual de Guajará-Mirim | parque estadual | Rondônia | 2.050 km² |
| Parque Estadual de Montezuma | parque estadual | Montezuma | 2.050 km² |
 Reserva Extrativista Rio Ouro Preto | Reserva Extrativista | Rondônia | 2.046 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual da Serra da Esperança | Área de Proteção Ambiental | Paulo Frontin | 2.045 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cananéia-Iguapé-Peruíbe | Área de Proteção Ambiental | Iguape | 2.020 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nhamundá | Área de Proteção Ambiental | Nhamundá | 2.016 km² |
 Parque Nacional da Serra da Canastra | parque nacional | Sacramento | 1.979 km² |
| Reserva Extrativista Canutama | Reserva Extrativista | Canutama | 1.979 km² |
| Reserva Extrativista Jaci-Paraná | Reserva Extrativista | Porto Velho | 1.971 km² |
| Floresta Nacional de Tapirapé-Aquiri | Floresta Nacional | Pará | 1.965 km² |
| Floresta Nacional do Tapirapéaquiri | Floresta Nacional | — | 1.965 km² |
| Reserva Extrativista Terra Grande Pracuuba | Reserva Extrativista | Pará | 1.949 km² |