| Espinhaço Range | reserva da biosfera | — | — |
| Estacão Ecológica dos Banhados de Iguape | Estação Ecológica | São Paulo | — |
| Estação Biologia Marinha Augusto Ruschi | reserva florestal | Aracruz | — |
 Estação Biológica de Boraceia | área protegida do Brasil | Salesópolis | — |
| Estação Biológica de Canudos | área protegida | — | — |
| Estação Biológica de Santa Lúcia | área protegida | Santa Teresa | 4,40 km² |
| Estação Biológica de São Lourenço | reserva florestal | Santa Teresa | — |
 Estação Ecologica Bita e Utinga | Estação Ecológica | Ipojuca | 24,7 km² |
 Estação Ecologica Serra Geral do Tocantins | Estação Ecológica | Formosa do Rio Preto | 7.071 km² |
| Estação Ecológica Alto Maués | Estação Ecológica | Maués | 6.668 km² |
| Estação Ecológica Antônio Mujica Nava | Estação Ecológica | — | — |
| Estação Ecológica Bananal | Estação Ecológica | Bananal | 8,85 km² |
| Estação Ecológica Bráulio Guedes da Silva | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,09 km² |
| Estação Ecológica Campos Naturais de Curitiba - Teresa Urban | Estação Ecológica | — | — |
| Estação Ecológica Chapada de Nova Roma | Estação Ecológica | Nova Roma | 69,3 km² |
| Estação Ecológica Chaúas | Estação Ecológica | Iguape | 27,0 km² |
| Estação Ecológica Curral do Meio | Estação Ecológica | Santana do Ipanema | 0,41 km² |
| Estação Ecológica da Chapada da Serra Branca | Estação Ecológica | São Braz do Piauí | 216 km² |
 Estação Ecológica da Guanabara | Estação Ecológica | Guapimirim | 19,4 km² |
| Estação Ecológica da Ilha do Medo | Estação Ecológica | Itaparica | — |
 Estação Ecológica da Ilha do Mel | patrimônio natural | Paraná | 23,2 km² |
| Estação Ecológica da Mata Preta | Estação Ecológica | — | 65,7 km² |
| Estação Ecológica da Serra das Araras | Estação Ecológica | Porto Estrela | 272 km² |
| Estação Ecológica da Serra dos Frios | Estação Ecológica | União dos Palmares | 0,48 km² |
 Estação Ecológica da Terra do Meio | Estação Ecológica | Uruará | 33.731 km² |
 Estação Ecológica da Universidade Federal de Minas Gerais | Estação Ecológica | Belo Horizonte | — |
| Estação Ecológica das Capivaras, Categoria de Proteção Integral | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,03 km² |
| Estação Ecológica de Acauã | Estação Ecológica | Minas Gerais | 64,5 km² |
| Estação Ecológica de Aiuaba | Estação Ecológica | Aiuaba | 117 km² |
 Estação Ecológica de Angatuba | Estação Ecológica | Angatuba | 13,6 km² |
| Estação Ecológica de Aracuri-Esmeralda | Estação Ecológica | Muitos Capões | 2,77 km² |
| Estação Ecológica de Arêdes | Estação Ecológica | Itabirito | 12,9 km² |
 Estação Ecológica de Assis | Estação Ecológica | Assis | 17,5 km² |
 Estação Ecológica de Avaré | Estação Ecológica | Avaré | 7,20 km² |
| Estação Ecológica de Bauru | Estação Ecológica | Bauru | 2,81 km² |
| Estação Ecológica de Caetés | Estação Ecológica | Paulista | 1,51 km² |
| Estação Ecológica de Caracaraí | Estação Ecológica | — | — |
 Estação Ecológica de Carijós | Estação Ecológica | Santa Catarina | 7,59 km² |
 Estação Ecológica de Corumbá | Estação Ecológica | Arcos | 3,10 km² |
| Estação Ecológica de Cuniã | Estação Ecológica | Humaitá | 1.854 km² |
| Estação Ecológica de Fechos | Estação Ecológica | Nova Lima | 5,64 km² |
 Estação Ecológica de Guaraqueçaba | Estação Ecológica | Guaraqueçaba | 0,13 km² |
| Estação Ecológica de Iquê | Estação Ecológica | — | — |
 Estação Ecológica de Itapeti | Estação Ecológica | Mogi das Cruzes | 0,89 km² |
| Estação Ecológica de Itapeva | Estação Ecológica | São Paulo | 0,99 km² |
 Estação Ecológica de Itirapina | Estação Ecológica | Itirapina | 22,1 km² |
| Estação Ecológica de Jutaí-Solimões | Estação Ecológica | Santo Antônio do Içá | 2.895 km² |
| Estação Ecológica de Maracá | Estação Ecológica | Roraima | 1.035 km² |
| Estação Ecológica de Maracá Jipioca | Estação Ecológica | Amapá | 566 km² |
 Estação Ecológica de Marília | Estação Ecológica | Marília | 5,76 km² |
 Estação Ecológica de Mata Preta | Estação Ecológica | Paraná | 65,7 km² |
| Estação Ecológica de Mogi-Guaçu | Estação Ecológica | Mogi Guaçu | 9,88 km² |
| Estação Ecológica de Murici | Estação Ecológica | Messias | 61,3 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Estação Ecológica | Roraima | 3.064 km² |
| Estação Ecológica de Paranapanema | Estação Ecológica | Paranapanema | 6,35 km² |
| Estação Ecológica de Paulo de Faria | Estação Ecológica | Paulo de Faria | 4,37 km² |
| Estação Ecológica de Pirapitinga | Estação Ecológica | Morada Nova de Minas | 13,8 km² |
| Estação Ecológica de Ribeirão Preto | Estação Ecológica | Ribeirão Preto | 1,54 km² |
 Estação Ecológica de Santa Bárbara | Estação Ecológica | Águas de Santa Bárbara | 31,6 km² |
| Estação Ecológica de Santa Maria | Estação Ecológica | São Simão | 13,1 km² |
| Estação Ecológica de São Carlos | Estação Ecológica | São Carlos | — |
 Estação Ecológica de Taiamã | Estação Ecológica | Cáceres | 116 km² |
 Estação Ecológica de Tamoios | Estação Ecológica | Paraty | 84,7 km² |
| Estação Ecológica de Uruçuí-Una | Estação Ecológica | Baixa Grande do Ribeiro | 1.351 km² |
 Estação Ecológica de Xitué | patrimônio natural | São Paulo | 29,4 km² |
| Estação Ecológica de Água Limpa | Estação Ecológica | Cataguases | 0,71 km² |
 Estação Ecológica de Águas Emendadas | Estação Ecológica | Planaltina | 91,8 km² |
| Estação Ecológica do Barreiro Rico | Estação Ecológica | Anhembi | 2,97 km² |
| Estação Ecológica do Caiuá | Estação Ecológica | Diamante do Norte | 14,5 km² |
 Estação Ecológica do Castanhão | Estação Ecológica | Jaguaribara | 126 km² |
| Estação Ecológica do Cercadinho | Estação Ecológica | Belo Horizonte | 2,25 km² |
 Estação Ecológica do Grão Pará | Estação Ecológica | Oriximiná | 41.935 km² |
| Estação Ecológica do Guaraguaçu | patrimônio natural | Paranaguá | 11,5 km² |
| Estação Ecológica do Jardim Botânico | Estação Ecológica | distrito federal | 45,0 km² |
 Estação Ecológica do Jari | Estação Ecológica | Amapá | 2.311 km² |
| Estação Ecológica do Madeira | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,23 km² |
| Estação Ecológica do Noroeste Paulista | Estação Ecológica | Mirassol | 1,66 km² |
| Estação Ecológica do Paraíso | Estação Ecológica | Rio de Janeiro | — |
| Estação Ecológica do Pau Brasil | Estação Ecológica | Mamanguape | 0,82 km² |
| Estação Ecológica do Pécem | Estação Ecológica | Caucaia | 9,64 km² |
| Estação Ecológica do Rio da Casca | Estação Ecológica | Campo Verde | — |
| Estação Ecológica do Rio dos Touros | Estação Ecológica | — | 12,2 km² |
| Estação Ecológica do Rio Madeirinha | Estação Ecológica | Colniza | 137 km² |
| Estação Ecológica do Rio Preto | Estação Ecológica | Santa Rita de Cássia | 48,8 km² |
| Estação Ecológica do Rio Ronuro | Estação Ecológica | Nova Ubiratã | 1.027 km² |
| Estação Ecológica do Rio Roosevelt | Estação Ecológica | Colniza | 980 km² |
| Estação Ecológica do Seridó | Estação Ecológica | Serra Negra do Norte | 11,2 km² |
 Estação Ecológica do Taim | Estação Ecológica | Rio Grande | 1,74 km² |
| Estação Ecológica do Tanque Grande | Estação Ecológica | Guarulhos | 0,70 km² |
| Estação Ecológica do Tripuí | Estação Ecológica | Ouro Preto | 3,71 km² |
 Estação Ecológica dos Caetetus | Estação Ecológica | Gália | 22,2 km² |
 Estação Ecológica dos Tupiniquins | Estação Ecológica | Peruíbe | 0,80 km² |
| Estação Ecológica Estadual Aratinga | Estação Ecológica | Itati | 60,4 km² |
 Estação Ecológica Estadual de Guaxindiba | Estação Ecológica | São Francisco de Itabapoana | 32,6 km² |
| Estação Ecológica Fernandes Pinheiro | Estação Ecológica | Fernandes Pinheiro | 5,13 km² |
| Estação Ecológica Governador Mario Covas | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,53 km² |
| Estação Ecológica Ibicatu | Estação Ecológica | Piracicaba | 0,82 km² |
| Estação Ecológica Itaberá | Estação Ecológica | Itaberá | 1,78 km² |
| Estação Ecológica Itapeva | Estação Ecológica | — | 0,97 km² |
| Estação Ecológica Jataí | Estação Ecológica | Luiz Antônio | 90 km² |
| Estação Ecológica Juami-Japurá | Estação Ecológica | Japurá | 8.315 km² |
 Estação Ecológica Juréia-Itatins | Estação Ecológica | Peruíbe | 0,13 km² |
| Estação Ecológica Mamuru | Estação Ecológica | Juruti | 1.264 km² |
| Estação Ecológica Mar de Espanha | Estação Ecológica | Mar de Espanha | 1,87 km² |
| Estação Ecológica Mata do Cedro | Estação Ecológica | Cláudio | 15,6 km² |
| Estação Ecológica Mata do Jacaré | Estação Ecológica | Brotas | 0,83 km² |
| Estação Ecológica Mata dos Ausentes | Estação Ecológica | Senador Modestino Gonçalves | 1,04 km² |
| Estação Ecológica Mico Leão Preto | Estação Ecológica | São Paulo | 66,8 km² |
 Estação Ecológica Mico-Leão-Preto | Estação Ecológica | São Paulo | 66,8 km² |
| Estação Ecológica Monte das Flores | Estação Ecológica | São José do Vale do Rio Preto | 2,14 km² |
| Estação Ecológica Municipal Alídio Moretti | Estação Ecológica | União da Vitória | 4 km² |
| Estação Ecológica Municipal Carlos Rogério Conrado Schmidt | Estação Ecológica | Pitanga | 1,22 km² |
| Estação Ecológica Municipal do Caeté | Estação Ecológica | Bragança Paulista | 0,87 km² |
| Estação Ecológica Municipal do Pirajibu | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,47 km² |
| Estação Ecológica Municipal Guarani | Estação Ecológica | Ribeirão Preto | 0,42 km² |
| Estação Ecológica Municipal Ilha do Lameirão | Estação Ecológica | Vitória | 8,72 km² |
| Estação Ecológica Municipal Severino Ravanello | Estação Ecológica | Paraná | 3,07 km² |
| Estação Ecológica Municipal Severino Ravanelo | Estação Ecológica | Ceará | 9,64 km² |
| Estação Ecológica Municipal Veredas de Taquarussu | Estação Ecológica | — | — |
| Estação Ecológica Niquiá | Estação Ecológica | — | 3.064 km² |
| Estação Ecológica Raso da Catarina | Estação Ecológica | Paulo Afonso | 1.048 km² |
 Estação Ecológica Rio Acre | Estação Ecológica | Assis Brasil | 784 km² |
| Estação Ecológica Rio das Pombas | Estação Ecológica | Paranaguá | 8,55 km² |
| Estação Ecológica Rio dos Touros | Estação Ecológica | Paraná | 12,2 km² |
| Estação Ecológica Rio Flor do Prado | Estação Ecológica | Aripuanã | 85,4 km² |
| Estação Ecológica Samuel | Estação Ecológica | Candeias do Jamari | 690 km² |
| Estação Ecológica Serra da Canoa | Estação Ecológica | Floresta | 76,0 km² |
| Estação Ecológica Serra dos Três Irmãos | Estação Ecológica | Porto Velho | 890 km² |
| Estação Ecológica Soldado da Borracha | Estação Ecológica | Porto Velho | 1.791 km² |
 Estação Ecológica Tupinambás | Estação Ecológica | São Sebastião | 24,6 km² |
| Estação Ecológica Umírizal | Estação Ecológica | Porto Velho | 575 km² |
| Estação Ecológica Valinhos | Estação Ecológica | Valinhos | 0,18 km² |
 Estação Ecológica Veredas de Taquarussu | Estação Ecológica | Mato Grosso do Sul | 30,4 km² |
| Estação Ecológica Wenceslau Guimarães | Estação Ecológica | Wenceslau Guimarães | 24,2 km² |
 Estação Ecológica Águas de Cuiabá | parque estadual | Rosário Oeste | 110 km² |