 Terra Indígena Waimiri Atroari | terra indígena no Brasil | 25.859 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Xeriuni | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | 16.717 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | Área de Proteção Ambiental | 15.647 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itã-Boiaçu | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | 6.228 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Estação Ecológica | 3.064 km² |
 Parque Nacional Viruá | parque nacional | 2.270 km² |
| Estação Ecológica de Maracá | Estação Ecológica | 1.035 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva Mani | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 1,10 km² |
| Maracá Island Biological Reserve | reserva florestal | — |
| Reserva Biológica Ilha de Maracá | Reserva Biológica | — |
| Terra Indígena Pirititi | terra indígena no Brasil | — |
| Terra Indígena São Marcos | terra indígena no Brasil | — |