 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de Trindade e Martim Vaz | — | 403.847 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | Natal | 384.127 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago do Marajó | Cachoeira do Arari | 45.248 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tapuruquara | Santa Isabel do Rio Negro | 30.425 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Reentrâncias Maranhenses | Bacuri | 26.338 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Tapajós | Itaituba | 20.403 km² |
| Área de Proteção Ambiental Triunfo do Xingu | São Félix do Xingu | 16.796 km² |
| Área de Proteção Ambiental Xeriuini | Caracaraí | 16.717 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilha do Bananal/Cantão | Dois Irmãos do Tocantins | 15.700 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | Roraima | 15.647 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Sobradinho | Pilão Arcado | 12.356 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Preto | Santa Rita de Cássia | 11.469 km² |
| Área de Proteção Ambiental Dunas e Veredas do Baixo Médio São Francisco | Pilão Arcado | 10.249 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilhas e Várzeas do Rio Paraná | Jateí | 10.052 km² |
 Área de Proteção Ambiental Chapada do Araripe | Porteiras | 9.726 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Upaon-Açu / Miritiba / Alto Preguiças | São José de Ribamar | 9.228 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pouso Alto | Cavalcante | 8.395 km² |
 Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Aturiá-Apuauzinho | Manaus | 5.683 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Tucurui | Tucuruí | 5.682 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Onça | Juazeiro | 5.057 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Planalto Central | Planaltina | 5.034 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Cabeceiras do Rio Cuiabá | Nobres | 4.732 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Direita do Rio Negro- Setor Paduari-Solimões | Novo Airão | 4.617 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra da Mantiqueira | Lavrinhas | 4.375 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Mar | São Paulo | 4.197 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual da Escarpa Devoniana | Sengés | 4.148 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Presidente Figueiredo - Caverna do Moroaga | Manaus | 4.086 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Costa dos Corais | Porto de Pedras | 3.943 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio Pandeiros | Januária | 3.942 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Bacias do Rio Aporé e do Rio Sucuriu | Chapadão do Sul | 3.850 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caverna do Maroaga | Presidente Figueiredo | 3.747 km² |
| Apa Marinha do Litoral Sul | Cananéia | 3.684 km² |
| Área De Proteção Ambiental Dos Meandros Do Rio Araguaia | Tocantins | 3.592 km² |
 Área de Proteção Ambiental Meandros do Araguaia | Goiás | 3.592 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Plataforma Continental do Litoral Norte | — | 3.528 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio de Janeiro | Barreiras | 3.527 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ponta da Baleia / Abrolhos | Alcobaça | 3.455 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Mucuri | Novo Cruzeiro | 3.248 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Ibirapuitã | — | 3.167 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ibirapuitã | Rio Grande do Sul | 3.165 km² |
 Área de Proteção Ambiental Delta do Parnaiba | Tutóia | 3.096 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Sucuriu- Paraíso | — | 3.065 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Nascente do Rio Sucuriú | Costa Rica | 2.943 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Paraíba do Sul | Santa Isabel | 2.926 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cochá e Gibão | Bonito de Minas | 2.855 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guaraqueçaba | Campina Grande do Sul | 2.824 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juquerí-Mirim Área II | Monte Alegre do Sul | 2.785 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Corumbataí | São Paulo | 2.748 km² |