 Área de Proteção Ambiental Cuesta Corumbataí | Dois Córregos | 2.727 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sistema Cantareira | Piracaia | 2.541 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Chapada dos Guimarães | Chapada dos Guimarães | 2.534 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caminhos Ecológicos da Boa Esperança | Cairu | 2.320 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cuesta Guarani | Anhembi | 2.146 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual da Serra da Esperança | Paulo Frontin | 2.045 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cananéia-Iguapé-Peruíbe | Iguape | 2.020 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nhamundá | Nhamundá | 2.016 km² |
 Área de Proteção Ambiental Fernão Dias | Minas Gerais | 1.822 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi do Município de Tacuru | Tacuru | 1.785 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Vermelho | Jaborandi | 1.763 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Guaraqueçaba | Pontal do Paraná | 1.741 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sul-RMBH | Barão de Cocais | 1.644 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha | Pernambuco | 1.544 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha - Rocas - São Pedro e São Paulo | — | 1.544 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Campos de Manicoré | Manicoré | 1.524 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Mananciais Superficiais das Nascentes do Rio Apa | Bela Vista | 1.516 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São João - Mico-leão-dourado | — | 1.504 km² |
 Área de Proteção Ambiental Litoral Norte | Bahia | 1.447 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Tejupá | São Paulo | 1.425 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cuesta Parapanema | Barão de Antonina | 1.425 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Iguatemi no Município de Amambai | Amambai | 1.411 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Litoral Norte do Estado da Bahia | Jandaíra | 1.372 km² |
 Área de Proteção Ambiental dos Recifes de Corais | Touros | 1.362 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Sub-bacia do Rio Aporé | Cassilândia | 1.352 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Sub-Bacia do Rio Ivinhema | Novo Horizonte do Sul | 1.352 km² |
 Área de Proteção Ambiental Jalapão | Ponte Alta do Tocantins | 1.350 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Batalha | Duartina | 1.340 km² |
 Área de Proteção Ambiental Morro da Pedreira | Itabira | 1.318 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi no Município de Paranhos | Paranhos | 1.300 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marimbus / Iraquara | Palmeiras | 1.249 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía de Todos os Santos | Simões Filho | 1.246 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía de Camamu | Itacaré | 1.222 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Altos Cursos dos Rios Gurgueia e Uruçuí-vermelho | Gilbués | 1.199 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Machado | Congonhal | 1.174 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Muricí | Colônia Leopoldina | 1.161 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi no Município de Iguatemi | Iguatemi | 1.154 km² |
 Área de Proteção Ambiental Costa das Algas | Aracruz | 1.143 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Pardo | Porto Velho | 1.138 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Lajeado | Tocantínia | 1.119 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Sub Bacia do Rio Pardo | — | 1.109 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Sub-bacia do Rio Pardo | Mato Grosso do Sul | 1.109 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Banhado Grande | Gravataí | 1.045 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Caiçara | Alagoas | 1.033 km² |
 Área de Proteção Ambiental Itupararanga | Votorantim | 936 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pratigi | Bahia | 934 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pratigi | — | 931 km² |
| Apa do Rio Iguatemi | — | 910 km² |