| Área de Proteção Ambiental Serra Geral de Goiás | São Domingos | 441 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guadalupe | Sirinhaém | 439 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Litoral Sul | Itaporanga d'Ajuda | 439 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bonfim/Guaraíra | Arez | 425 km² |
| Área de Proteção Ambiental Naufrágio Queimado | João Pessoa | 423 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Descoberto | Brasília | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Tabatinga | Barreiras do Piauí | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi do Município de Japora-MS | Mato Grosso do Sul | 417 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguaçu do Município de Japora | Mato Grosso do Sul | 417 km² |
| Área de Proteção Ambiental Silveiras | Silveiras | 415 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piquiri-Una | Pedro Velho | 413 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra Dona Francisca | Joinville | 405 km² |
| Apa Quebra-pé | Monjolos | 402 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio da Casca | — | 399 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sapucaí Mirim | Santo Antônio do Pinhal | 388 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba | Itabira | 380 km² |
 Área de Proteção Ambiental Carste de Lagoa Santa | Funilândia | 377 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cabreuva | Itu | 370 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra Dourada | Mossâmedes | 370 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Ilhas de Tinharé e Boipeba | — | 362 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Mananciais do Córrego Guariroba - Apa do Guariroba | Campo Grande | 362 km² |
| Área de Proteção Ambiental Urubuí | Presidente Figueiredo | 356 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Macaé de Cima | Nova Friburgo | 350 km² |
| Área de Proteção Ambiental Alto Piraí - Apa Alto Piraí | Rio Claro | 343 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santo Antônio | Minas Gerais | 334 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baleia Franca | Balneário Rincão | 330 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cairuçu | Paraty | 326 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Onças | São João do Tigre | 319 km² |
 Área de Proteção Ambiental Aldeia-Beberibe | Araçoiaba | 317 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tinharé / Boipeba | Cairu | 311 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra de Baturité | Redenção | 302 km² |
| Área de Proteção Ambiental Igarapé São Francisco | Bujari | 300 km² |
| Área de Proteção Ambiental Uruana de Minas | Uruana de Minas | 300 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Meruoca | Sobral | 294 km² |
 Área de Proteção Ambiental Campos do Jordão | Campos do Jordão | 289 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guajuma | Nhamundá | 284 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Geraldo do Araguaia | São Geraldo do Araguaia | 267 km² |
| Área de Proteção Ambiental Marinha Boto Cinza | Mangaratiba | 261 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Santa Cruz | Ilha de Itamaracá | 255 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Santana do Paraíso | Santana do Paraíso | 251 km² |
 Área de Proteção Ambiental Municipal do Capivari-Monos | São Paulo | 251 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santo Antônio | Bahia | 250 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Morros Garapenses | Duque Bacelar | 248 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Mangaratiba | Mangaratiba | 245 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia dos Ribeirões do Gama e Cabeça de Veado | distrito federal | 237 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Bacias Gama e Cabeça de Veado | Brasília | 236 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Igarapé Gelado | Parauapebas | 233 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Canindé | Acauã | 228 km² |