 Área de Proteção Ambiental Estadual Delta do Jacuí | Charqueadas | 228 km² |
 Área de Proteção Ambiental Taruma/Ponta Negra | Manaus | 226 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual de Tamoios | Angra dos Reis | 225 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Campinas | São Paulo | 223 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Alto Iguaçu | Duque de Caxias | 221 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Rio Curiaú | Macapá | 219 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Procura | Conceição de Macabu | 214 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corrego da Mata | Santa Maria de Itabira | 199 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoas de Caratinga | — | 199 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bemposta | Três Rios | 196 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Macacu | Itaboraí | 195 km² |
 Área de Proteção Ambiental dos Pireneus | Cocalzinho de Goiás | 192 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilha Comprida | Ilha Comprida | 189 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Cariri | Cabaceiras | 186 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Santa Isabel | Araguanã | 186 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Marituba do Peixe | Piaçabuçu | 185 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santos Continente | Santos | 184 km² |
| Área de Proteção Ambiental Adolpho Ducke | Manaus | 182 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Valo Fundo | Santo Hipólito | 178 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio Cênico Rotas Monçoeiras | Coxim | 172 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Jibóia | Nazário | 172 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi do Município de Mundo Novo | Mundo Novo | 169 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra dos Cocais | Coronel Fabriciano | 167 km² |
| Área de Proteção Ambiental Dunas do Rosado | — | 166 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Praia de Ponta Grossa | Icapuí | 161 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Alter do Chão | Santarém | 161 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago Paranoá | distrito federal | 161 km² |
| Área de Proteção Ambiental Água Santa de Minas | Tombos | 161 km² |
| Área de Proteção Ambiental Panamá | Panamá | 159 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Represa Alto Rio Preto | Rio Negrinho | 156 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Passauna | Campo Magro | 156 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ribeirão Claro, Água Emendada, Paraíso e Rio Araguainha | Alto Araguaia | 155 km² |
 Área de Proteção Ambiental Barra do Rio Mamanguape | Paraíba | 149 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Barra do Rio Mamanguape | — | 149 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Verde | Araucária | 148 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cachoeira das Andorinhas | Ouro Preto | 143 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de São Salvador do Tocantins, Paranã e Palmeirópolis | Paranã | 142 km² |
 Área de Proteção Ambiental Suruí | Magé | 141 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tanquã-Rio Piracicaba | Botucatu | 140 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pratagy | Rio Largo | 137 km² |
| Área de Proteção Ambiental Itaguaí Itingussú Espigão Taquara | Itaguaí | 136 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Avecuia | Porto Feliz | 133 km² |
| Área de Proteção Ambiental Berçários da Vida Marinha | Icapuí | 132 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cajamar | Cajamar | 131 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra da Ibiapaba | Pedro II | 128 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Itapetinga | São Paulo | 126 km² |
| Área de Proteção Ambiental São Francisco Xavier | São José dos Campos | 120 km² |
| Área de Proteção Ambiental Grutas dos Brejões / Veredas do Romão Gramacho | Bahia | 119 km² |