| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Longá | Alto Longá | 115 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Nova Era | Nova Era | 115 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lajedão | Matias Cardoso | 112 km² |
| Area de Proteção Ambiental da Bacia do Corrego Cária | Mato Grosso | 110 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Setiba | Vila Velha | 110 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Desidério | São Desidério | 110 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Sana | Macaé | 110 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corredeiras | Taparuba | 108 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Iraí | Colombo | 107 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Vargem Alegre | Espera Feliz | 107 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Limoeiro | Cumari | 106 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Santa Rita | Coqueiro Seco | 103 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estrada Parque de Piraputanga | Aquidauana | 101 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Serras do Mato Grosso - Tingui - Castelhañas | Saquarema | 98,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Várzea do Rio Tietê | Santana de Parnaíba | 97,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Barreiro Rico | Anhembi | 96,3 km² |
| Apa Nascente do Rio Amambai | — | 94,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Nazaré | São Francisco do Piauí | 92,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Caraíva/ Trancoso | Porto Seguro | 92,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córregos Gordura e Boiadeiro | Alto Araguaia | 92,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Massambaba | Arraial do Cabo | 91,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Piaçabuçu | Feliz Deserto | 90,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual do Piraquara | Piraquara | 89,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bororé-Colônia | São Paulo | 89,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Árvore Bonita | Divino | 88,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Lagoas e Florestas de Niterói | Rio de Janeiro | 86,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Lagunas e Florestas de Niterói | — | 86,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Mira | Santa Rita de Jacutinga | 85,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto Rio Turvo | Campo Alegre | 82,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Salto do Suaçuí | São Pedro do Suaçuí | 81,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Gericinó/Mendanha | Mesquita | 79,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Encantado | Baliza | 79,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Conceição da Barra | Conceição da Barra | 79,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Pau Brasil | Armação dos Búzios | 78,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Salto Magessi | Sorriso | 78,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Pé da Serra Azul | Barra do Garças | 76,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Alto Taboão | Espera Feliz | 75,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Pedregulho | Itu | 75,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pequeno | Paraná | 73,6 km² |
| Area de Proteção Ambiental de Senador Firmino | Senador Firmino | 71,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Nova | Fazenda Nova | 71,8 km² |
| Área de Preservação Ambiental Rio Piracicaba | Rio Piracicaba | 71,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio dos Bugres | Rio Negrinho | 70,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio dos Frades | Teresópolis | 68,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Bonito | Nova Friburgo | 68,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Miracema | Miracema | 67,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Sirinhaém | Rio Formoso | 65,9 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra da Aratanha | Guaiúba | 64,5 km² |