| Área de Proteção Ambiental Raposo | Itaperuna | 61,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Apa da Perdição | — | 61,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Perdição | Rio de Janeiro | 61,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental Roncador | Pirpirituba | 61,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía Negra | Ladário | 59,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Sapiatiba | São Pedro da Aldeia | 59,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Maranguape | Maranguape | 59,4 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável dos Quilombos de Barra do Turvo | Barra do Turvo | 58,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Timóteo | Timóteo | 58,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Nossa Senhora Aparecida | Sapucaia | 57,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Palmital | Caçapava | 57,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Região Metrolpolitana de Belém | Ananindeua | 56,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Madeira | Porto Velho | 56,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Três Picos | Nova Friburgo | 55,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Itacuru | Itambé do Mato Dentro | 55,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vargem das Flores | Betim | 54,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Santo Amaro | Guarujá | 54,2 km² |
| Apa da Pedra Branca | Rio de Janeiro | 53,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Branca | Rio de Janeiro | 53,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio do Colégio | São Fidélis | 53,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Tinguá | Nova Iguaçu | 53,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guapi-Mirim | Itaboraí | 52,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Rio Manso | Divinópolis de Goiás | 52,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Mananciais do Córrego Lajeado - Apa do Lajeado | Campo Grande | 52,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago do Amapá | Rio Branco | 51,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Norte | São Paulo | 51,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Itapeti | Mogi das Cruzes | 51,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serras de Irauçuba | — | 49,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa Guanandy | Itapemirim | 48,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jará | Juruti | 48,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra Vermelha | — | 48,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale Fagundes | Areal | 47,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra São José | Minas Gerais | 46,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cavernas do Peruaçu | Januária | 46,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bom Jesus | Bom Jesus do Galho | 45,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Entorno Costeiro | Florianópolis | 44,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedreira da Prata | Carmo | 44,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Ribeira | Quissamã | 43,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Iguaçú | Curitiba | 42,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Morro da Torre | Três Rios | 42,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Córrego da Velha | Luz | 40,0 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Canoa-Quebrada | Aracati | 40 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Jijoca | Jijoca de Jericoacoara | 39,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Dunas de Paracuru | Paracuru | 39,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Centro | São Paulo | 37,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Catolé e Fernão Velho | Maceió | 37,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Piabanha | Areal | 36,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Plataforma Continental do Litoral Norte | Bahia | 36,1 km² |