 Área de Proteção Ambiental de Tamoios | Rio de Janeiro | 22,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Serras de Inhoáiba, Cantagalo e Santa Eugênia | Rio de Janeiro | 22,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Penedo | Itatiaia | 22,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Onça | Cardoso Moreira | 21,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Região do Maracanã | São Luís | 21,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Lisa | Rio de Janeiro | 21,8 km² |
| Aréa de Proteção Ambiental de Ribeirãozinho e Alcantilado do Rio Araguaia | Ribeirãozinho | 21,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Primavera | Santa Bárbara de Goiás | 21,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoas de Guarajuba | Camaçari | 20,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Brilhante | Itajaí | 20,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental São Domingos | Goiás | 20,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Catumbi | — | 19,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Foz do Rio das Preguiças - Pequenos Lençóis - Região Lagunar Adjacente | Araioses | 18,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Jenipabu | Rio Grande do Norte | 18,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santa Fé | Três Rios | 18,1 km² |
| Área de Preservação Ambiental do Córrego da Lagoa | Ouvidor | 18,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Maranguapinho | Maracanaú | 17,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Manguezal da Barra Grande | Icapuí | 17,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Cima | Campos dos Goytacazes | 17,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lagamar do Cauipe | Caucaia | 16,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Bolívia | Aperibé | 16,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Arroio Macaco | Schroeder | 16,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Fanha | Alto Horizonte | 15,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Carapeba Boa | Carapebus | 15,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fábrica | — | 15,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Vermelho | São Bento do Sul | 15,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu | Belém | 15,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Palmares - APA Palmares | Paty do Alferes | 15 km² |
| Área de Proteção Ambiental Descoberto | Caeté | 14,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Horto do Padre Cícero | Juazeiro do Norte | 13,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Engenho Pequeno | São Gonçalo | 13,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Mundaú | Itapipoca | 13,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Lagoa Jacuném | Serra | 13,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Água Fria | Amaralina | 13,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Guaiamuns | Itapoá | 12,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoas e Dunas do Abaeté | Salvador | 12,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Cobre / São Bartolomeu | Salvador | 11,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Arnica | Varjão | 11,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Floresta do Cafundó | — | 11,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tinguazinho | Nova Iguaçu | 11,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Tartarugas | Anchieta | 10,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municípal Manguezal Sul da Serra | Serra | 10,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Retiro | Nova Iguaçu | 10,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Morro da Boa Vista | — | 10,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Alto Iguaçu | Belford Roxo | 9,97 km² |
| Área de Proteção Ambiental Represa Bairro da Usina | Atibaia | 9,97 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Maricá | Rio de Janeiro | 9,69 km² |
| Apa de Grumari | Rio de Janeiro | 9,67 km² |