| Apa da Lagoa de Itapeva | Torres | 4,37 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Itapetinga | Rio Grande do Sul | 4,37 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Dunas do Litoral Oeste | Paracuru | 4,36 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal de Caratinga | — | 4,24 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Livramento | — | 4,22 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa Grande | Goiás | 4,02 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baleia Sahy | São Sebastião | 3,93 km² |
| Apa do Bairro da Freguesia | Rio de Janeiro | 3,80 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Bairro da Freguesia | Rio de Janeiro | 3,80 km² |
| Apa Pedra Itaúna | — | 3,67 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córrego do Marimbondo | Italva | 3,58 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Itapiracó | São José de Ribamar | 3,55 km² |
| Área de Proteção Ambiental Baía das Tartarugas | Vitória | 3,42 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Caiapônia | Caiapônia | 3,41 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guaibim | Valença | 3,37 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Lameirão/Goiabal | Paty do Alferes | 3,36 km² |
| Área de Proteção Ambiental Mata da Biquinha | Coronel Fabriciano | 3,29 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes de Araguaina | Araguaína | 2,99 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Veiga | São João da Barra | 2,84 km² |
| Área de Proteção Ambiental Reserva Ecológica Vau Açu | Ponte Nova | 2,77 km² |
| Apa da Orla Marítima | Rio de Janeiro | 2,68 km² |
| Área de Proteção Ambiental Normandia | — | 2,65 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Morro do Vilante | Serra | 2,50 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque das Mangueiras | Rio de Janeiro | 2,49 km² |
| Área de Proteção Ambiental Morro Agudo | Nova Iguaçu | 2,45 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jurema | Arapiraca | 2,43 km² |
| Área de Preservação Ambiental do Córrego Lucas | Mato Grosso | 2,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Córrego Lucas | Lucas do Rio Verde | 2,35 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Grumari | Rio de Janeiro | 2,19 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Urubu | Sergipe | 2,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio São Tomás | — | 1,97 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Águas de Tucuns | Armação dos Búzios | 1,92 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Buritis | Acreúna | 1,85 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jupiá | Três Lagoas | 1,84 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Seritinga | São João do Manhuaçu | 1,80 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Grande | Mato Grosso do Sul | 1,77 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Sepetiba II | Rio de Janeiro | 1,72 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Saubal | Santarém | 1,67 km² |
| Apa do Morro do Valqueire | Rio de Janeiro | 1,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Valqueire | Rio de Janeiro | 1,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Orla Marítima | Rio de Janeiro | 1,62 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual de Guaratuba | São José dos Pinhais | 1,58 km² |
| Apa da Prainha | Rio de Janeiro | 1,57 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córrego da Moranga | Serranópolis | 1,55 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Linear do igarapé do Gigante | Manaus | 1,55 km² |
| Barreiro das Antas | São Geraldo do Araguaia | 1,53 km² |
| Área de Proteção Ambiental Sítio dos Pintos | Recife | 1,53 km² |
| Apa do Morro do Silvério | Rio de Janeiro | 1,50 km² |