| Área de Proteção Ambiental do Morro do Silvério | Rio de Janeiro | 1,50 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Fazendinha | Macapá | 1,49 km² |
| Área de Proteção Ambiental São Patrício | São Patrício | 1,49 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Beatriz Gama | Volta Redonda | 1,42 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Fortaleza de Santa Cruz e dos Fortes do Pico e do Rio Branco | Niterói | 1,41 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Ponta do Araçá | Porto Belo | 1,41 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale Ouro | Queimados | 1,39 km² |
| Apa do Morro dos Cabritos | Rio de Janeiro | 1,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro dos Cabritos | Rio de Janeiro | 1,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Juá | Santarém | 1,26 km² |
| Apa do Morro do Leme | Rio de Janeiro | 1,24 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pecem | Ceará | 1,22 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Morro de Igarapiapunha | — | 1,21 km² |
| Área de Proteção Ambiental Novo Brasil | Novo Brasil | 1,21 km² |
| Apa dos Morros da Babilônia e de São João | Rio de Janeiro | 1,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Mata do Posto Zootécnico | Cordeiro | 1,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Morros da Babilônia e de São João | Rio de Janeiro | 1,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Maravilha | Paty do Alferes | 1,13 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Nossa Senhora de Nazaré | — | 1,13 km² |
| Apa de São José | Rio de Janeiro | 1,09 km² |
| Área de Proteção Ambiental de São José | Rio de Janeiro | 1,09 km² |
| Área de Proteção Ambiental Caxangá | Recife | 1,08 km² |
| Área de Proteção Ambiental Inaciolândia | Inaciolândia | 1,08 km² |
 Área de Proteção Ambiental Anhatomirim | Governador Celso Ramos | 1,04 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Sacopã | Rio de Janeiro | 1,04 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Brisas | Rio de Janeiro | 1,02 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Cataguás | Contagem | 0,99 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque Fernão Dias | Minas Gerais | 0,99 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa do Iriry | Rio das Ostras | 0,98 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Estâncias de Pendotiba | São Gonçalo | 0,93 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Guandu-jacatirão | Queimados | 0,92 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Prainha | Rio de Janeiro | 0,80 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Cehab | São João da Barra | 0,65 km² |
| Apa das Tabebuias | Rio de Janeiro | 0,62 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Tabebuias | Rio de Janeiro | 0,62 km² |
| Apa do Morro da Saudade | Rio de Janeiro | 0,59 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro da Saudade | Rio de Janeiro | 0,59 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tunico Farias | São Domingos do Prata | 0,54 km² |
| Área de Proteção Ambiental Castelandia | Castelândia | 0,52 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Jacatirão | Queimados | 0,46 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Monte da Fé | Queimados | 0,44 km² |
 Área de Proteção Ambiental Paisagem Carioca | Rio de Janeiro | 0,38 km² |
| Área de Proteção Ambiental Crixás | Crixás | 0,36 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Leme | Rio de Janeiro | 0,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental Haras São Bernardo | Santo André | 0,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental Morro de São Bento | Ribeirão Preto | 0,34 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São João/Mico-Leão-Dourado | Rio de Janeiro | 0,33 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Maraponga | Maraponga | 0,31 km² |