| Área de Proteção Ambiental do Campo Grande | Campinas | 9,45 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guandú-Açu | Rio de Janeiro | 9,36 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Parque Municipal Ecológico de Marapendi | Rio de Janeiro | 9,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Piracanjubinha | Gameleira de Goiás | 9,25 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Vargem do Braço | Santo Amaro da Imperatriz | 9,20 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Salgado | São João da Barra | 9,10 km² |
| Área de Proteção Ambiental Raimundo Irineu Serra | Rio Branco | 9,08 km² |
| Área de Proteção Ambiental Entorno Cicuta | Volta Redonda | 8,96 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Curu | Paraipaba | 8,82 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoa Encantada | Ilhéus | 8,81 km² |
 Área de Proteção Ambiental Parque e Fazenda do Carmo | São Paulo | 8,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Usina | — | 8,58 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Corrego Capao Grande | Goiás | 8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale Lagoa do Morro Grande | Areal | 7,85 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Bento | Duque de Caxias | 7,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental Floresta Manaós | Manaus | 7,59 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baía de Paraty | Paraty | 7,43 km² |
| Área de Proteção Ambiental Canal Campos Macaé | Rio de Janeiro | 7,20 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Canal Campos-macaé | — | 7,20 km² |
| Área de Proteção Ambiental Torre de Pedra | Marzagão | 6,95 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal das Fontes | Queimados | 6,75 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Orla Marítima da Baía de Sepetiba | Rio de Janeiro | 6,74 km² |
| Área de Proteção Ambiental Leste | Barra Mansa | 6,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Ingazeiras | Paulistana | 6,54 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Maciço Central | Vitória | 6,39 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Precabura | Fortaleza | 6,29 km² |
| Área de Proteção Ambiental Waldeir Gonçalves - Serra do Itaóca | Campos dos Goytacazes | 6,17 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Palmeiral | Mundo Novo | 6,14 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro de Mutuapira | Tanguá | 5,95 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Saco de Coroa Grande | Itaguaí | 5,95 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nascentes da Zona Rural | Olinda | 5,93 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pontal/Peri Peri | Bahia | 5,75 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pontal/periperi | — | 5,75 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Gaia | São Gonçalo | 5,30 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Entorno da Cicuta | Barra Mansa | 5,26 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Morros da Guanabara | Niterói | 5,26 km² |
| Área de Proteção Ambiental Monte Urubu | Anchieta | 5,24 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ribeiro Bonito | Caeté | 5,16 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Dunas da Lagoinha | Paraipaba | 4,98 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Capitão Eduardo | Minas Gerais | 4,89 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre das Ilhas do Abrigo e Guararitama | Peruíbe | 4,81 km² |
| Apa da Serra da Capoeira Grande | Rio de Janeiro | 4,79 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Capoeira Grande | Rio de Janeiro | 4,79 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Dunas e Restingas | São João da Barra | 4,79 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Município de Santa Fé | — | 4,72 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa Verde | Rio Grande | 4,71 km² |
 Área de Proteção Ambiental Águas Serra da Piedade | Caeté | 4,57 km² |
| Área de Proteção Ambiental Palmelo | Palmelo | 4,51 km² |