| Área de Proteção Ambiental de Petrópolis | Área de Proteção Ambiental | 682 km² |
 Reserva Extrativista Marinha Arraial do Cabo | Reserva Extrativista Marinha | 511 km² |
 Parque Nacional do Itatiaia | parque nacional | 281 km² |
 Parque Nacional Restinga de Jurubatiba | parque nacional | 149 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Lagoas e Florestas de Niterói | Área de Proteção Ambiental | 86,9 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre Nascentes do Sai | refúgio de vida silvestre | 67,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Perdição | Área de Proteção Ambiental | 61,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Branca | Área de Proteção Ambiental | 53,9 km² |
| Reserva Biológica Estadual de Araras | reserva ecológica | 38,4 km² |
| Reserva Extrativista Marinha de Itaipu | Reserva Extrativista Marinha | 38,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio D'Ouro | Área de Proteção Ambiental | 28,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra dos Pretos Forros | Área de Proteção Ambiental | 27,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tamoios | Área de Proteção Ambiental | 22,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Lisa | Área de Proteção Ambiental | 21,8 km² |
| Parque Natural Municipal de Mesquita | parque natural municipal | 18,9 km² |
| Parque Natural Municipal das Águas de Guapimirim | parque natural municipal | 15,7 km² |
 Monumento Natural Municipal da Pedra do Elefante | monumento natural | 14,6 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga de Praia do Forte | parque natural municipal | 10,7 km² |
 Parque Estadual da Serra da Concórdia | parque estadual | 10,4 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santo Antônio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 10,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Maricá | Área de Proteção Ambiental | 9,69 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guandú-Açu | Área de Proteção Ambiental | 9,36 km² |
| Área de Proteção Ambiental Canal Campos Macaé | Área de Proteção Ambiental | 7,20 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Orla Marítima da Baía de Sepetiba | Área de Proteção Ambiental | 6,74 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre dos Campos de Sernambetiba | refúgio de vida silvestre | 5,57 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre dos Campos de Sernambitiba | refúgio de vida silvestre | 5,57 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Santo Antonio | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 5,39 km² |
 Monumento Natural das Ilhas Cagarras | monumento natural | 5,30 km² |
| Floresta Nacional de Mário Xavier | Floresta Nacional | 4,96 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Capoeira Grande | Área de Proteção Ambiental | 4,79 km² |
| Monumento Natural da Serra de Frecheiras | monumento natural | 4,57 km² |
| Parque Natural Municipal Fazenda do Viegas | parque natural | 4,49 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Bairro da Freguesia | Área de Proteção Ambiental | 3,80 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural União | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 3,43 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre da Serra da Estrela | refúgio de vida silvestre | 2,53 km² |
| Área de Proteção Ambiental Parque das Mangueiras | Área de Proteção Ambiental | 2,49 km² |
| Parque Natural Municipal das Piasbas | parque natural municipal | 2,42 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Grumari | Área de Proteção Ambiental | 2,19 km² |
| Refúgio da Vida Silvestre do Sucavão | refúgio de vida silvestre | 2,12 km² |
 Ilhas Cagarras | patrimônio natural | 2 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Morro Grande | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 1,92 km² |
 Parque Natural Municipal Bosque da Barra | parque natural municipal | 1,68 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Valqueire | Área de Proteção Ambiental | 1,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Orla Marítima | Área de Proteção Ambiental | 1,62 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Silvério | Área de Proteção Ambiental | 1,50 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro dos Cabritos | Área de Proteção Ambiental | 1,35 km² |
 Monumento Natural Municipal da Pedra do Colégio | monumento natural | 1,20 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda do Tanguá | Reserva Particular do Patrimônio Natural | 1,18 km² |