| Floresta Nacional do Amazonas | Barcelos | 19.442 km² |
 Floresta Nacional do Iquiri | Lábrea | 14.726 km² |
 Floresta Nacional do Jamanxim | Itaituba | 13.015 km² |
| Floresta Nacional de Balata-Tufari | Canutama | 10.800 km² |
| Floresta Nacional de Pau-Rosa | Borba | 9.846 km² |
 Floresta Nacional de Tefé | Juruá | 8.651 km² |
| Floresta Nacional do Aripuanã | Apuí | 7.513 km² |
 Floresta Nacional do Crepori | Jacareacanga | 7.404 km² |
| Floresta Nacional Altamira | Pará | 7.255 km² |
| Floresta Nacional de Altamira | — | 7.255 km² |
| Floresta Nacional do Amaná | Itaituba | 6.827 km² |
| Floresta Nacional de Jatuarana | Amazonas | 5.697 km² |
| Floresta Nacional do Jatuarana | — | 5.683 km² |
| Floresta Nacional de Urupadi | Maués | 5.380 km² |
 Floresta Nacional de Tapajós | Pará | 5.306 km² |
| Floresta Nacional do Tapajós | — | 5.251 km² |
| Floresta Nacional de Humaitá | Humaitá | 4.732 km² |
| Floresta Nacional de Amapá | Amapá | 4.604 km² |
| Floresta Nacional do Amapá | — | 4.604 km² |
| Floresta Nacional de Saracá-Taquera | Terra Santa | 4.413 km² |
 Floresta Nacional de Itaituba II | Itaituba | 3.978 km² |
 Floresta Nacional de Carajás | Canaã dos Carajás | 3.913 km² |
| Floresta Nacional Mapiá - Inauini | — | 3.690 km² |
| Floresta Nacional de Mapiá-Inauiní | Amazonas | 3.689 km² |
 Floresta Nacional de Caxiuanã | Porto de Moz | 3.179 km² |
| Floresta Nacional de Anauá | Rorainópolis | 2.594 km² |
 Floresta Nacional do Trairão | Rurópolis | 2.575 km² |
| Floresta Nacional de Purus | Amazonas | 2.561 km² |
| Floresta Nacional do Purús | — | 2.561 km² |
| Floresta Nacional de Santa Rosa do Purus | Santa Rosa do Purus | 2.315 km² |
| Floresta Nacional do Jamari | Itapuã do Oeste | 2.222 km² |
| Floresta Nacional de Jacundá | Porto Velho | 2.212 km² |
| Floresta Nacional de Mulata | Alenquer | 2.163 km² |
 Floresta Nacional de Itaituba I | Itaituba | 2.131 km² |
| Floresta Nacional de Tapirapé-Aquiri | Pará | 1.965 km² |
| Floresta Nacional do Tapirapéaquiri | — | 1.965 km² |
| Floresta Nacional de Macauã | Acre | 1.764 km² |
| Floresta Nacional do Macauã | — | 1.764 km² |
| Floresta Nacional de Roraima | Mucajaí | 1.696 km² |
| Floresta Nacional do Itacaiunas | — | 1.398 km² |
| Floresta Nacional de Itacaiunas | Pará | 1.367 km² |
| Floresta Nacional do Parima | Amajari | 1.095 km² |
| Floresta Nacional de Bom Futuro | Rondônia | 1.001 km² |
| Floresta Nacional do Bom Futuro | — | 984 km² |
 Floresta Nacional do Araripe-Apodi | Santana do Cariri | 389 km² |
| Floresta Nacional de São Francisco | Sena Madureira | 211 km² |
| Floresta Nacional de Cristópolis | Baianópolis | 128 km² |
 Floresta Nacional de Contendas do Sincorá | Contendas do Sincorá | 112 km² |