| Floresta Estadual do Paru | floresta estadual | 36.100 km² |
 Terra Indígena Kayapó | terra indígena no Brasil | 32.840 km² |
| Floresta Estadual do Trombetas | floresta estadual | 31.436 km² |
| Floresta Nacional Altamira | Floresta Nacional | 7.255 km² |
 Reserva Extrativista Tapajós Arapiuns | Reserva Extrativista | 6.742 km² |
| Floresta Estadual de Faro | floresta estadual | 6.140 km² |
 Floresta Nacional de Tapajós | Floresta Nacional | 5.306 km² |
| Floresta Estadual de Iriri | floresta estadual | 4.392 km² |
| Terra Indígena Arara | terra indígena no Brasil | 2.740 km² |
| Floresta Nacional de Tapirapé-Aquiri | Floresta Nacional | 1.965 km² |
| Reserva Extrativista Terra Grande Pracuuba | Reserva Extrativista | 1.949 km² |
| Floresta Nacional de Itacaiunas | Floresta Nacional | 1.367 km² |
| Reserva Extrativista Marinha de Gurupi-Piriá | Reserva Extrativista Marinha | 728 km² |
 Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itatupã-Baquiá | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | 644 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Arai-Peroba | Reserva Extrativista Marinha | 399 km² |
 Reserva Extrativista Marinha de Soure | Reserva Extrativista Marinha | 296 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mestre Lucindo | Reserva Extrativista Marinha | 265 km² |
 Terra Indígena Mundurucu | terra indígena | 253 km² |
 Parque Estadual da Serra dos Martírios/Andorinhas | parque estadual | 250 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Caetétaperaçu | Reserva Extrativista Marinha | 164 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Mocapajuba | Reserva Extrativista Marinha | 162 km² |
 Reserva Extrativista Marinha Tracuateua | Reserva Extrativista Marinha | 91,6 km² |
| Terra Indígena Paquiçamba | terra indígena no Brasil | 43,8 km² |
| Reserva Extrativista São João da Ponta | Reserva Extrativista | 34,1 km² |
| Parque Natural Municipal do Morro dos Ventos | parque natural municipal | 0,46 km² |
| Reserva Extrativista Marinha Cuinarana | Reserva Extrativista Marinha | 0,36 km² |
| Parque Natural Municipal Rio Garrafão | parque natural municipal | 0,17 km² |
 Mestre Lucindo Marine Extractive Reserve | área protegida do Brasil | — |
| Serra do Pardo | reserva florestal | — |
| Terra Indígena Alto Rio Guamá | terra indígena no Brasil | — |
| Terra Indígena Cachoeira Seca | terra indígena no Brasil | — |
 Terra Indígena Parakanã | terra indígena no Brasil | — |
| Terra Indígena Sawré Muybu | terra indígena no Brasil | — |
| Terra Indígena Sororó | terra indígena no Brasil | — |
| Trombetas State Forest | área protegida do Brasil | — |