| Parque Natural Municipal das Araras | Mato Grosso | 13.553.345 km² |
| Parque Municipal Natural da Lagoa do Parado | — | 35,4 km² |
| Parque Natural Municipal dos Terraços Marinhos | — | 19,1 km² |
| Parque Natural Municipal de Mesquita | Rio de Janeiro | 18,9 km² |
| Parque Natural Municipal Terraços Marinhos | Espírito Santo | 17,3 km² |
| Parque Natural Municipal das Águas de Guapimirim | Rio de Janeiro | 15,7 km² |
| Parque Municipal Natural dos Parecis | — | 15,1 km² |
| Parque Natural Municipal da Araponga | — | 14,9 km² |
| Parque Natural Municipal da Ronda | Rio Grande do Sul | 14,5 km² |
 Parque Natural Municipal de Piraputangas | Corumbá | 11 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga de Praia do Forte | Rio de Janeiro | 10,7 km² |
| Parque Natural Municipal da Pedra de Paraibuna | — | 9,05 km² |
| Parque Natural Municipal Cachoeira das Orquídeas | — | 8,43 km² |
| Parque Natural Municipal do Pedroso | Santo André | 8,12 km² |
 Parque Natural Municipal das Dunas da Lagoa da Conceição | Florianópolis | 7,32 km² |
| Parque Natural Municipal do Mico Leão Dourado | — | 7,15 km² |
 Parque Natural Municipal do Espalhado | Ibicoara | 6,12 km² |
| Parque Natural Municipal Serra do Barbosão | — | 5,84 km² |
| Parque Natural Municipal de Fechos | Minas Gerais | 5,64 km² |
| Parque Municipal Natural de Pimenta Bueno | — | 5,47 km² |
| Parque Natural Municipal de Pimenta Bueno | Rondônia | 5,47 km² |
| Parque Natural Municipal da Restinga da Massambaba | — | 4,74 km² |
| Parque Natural Municipal Olesio dos Santos | São Paulo | 4,50 km² |
| Parque Natural Municipal das Laranjeiras | Minas Gerais | 4,34 km² |
| Parque Municipal Natural Mata do Rio Uruguai Teixeira Soares | — | 4,28 km² |
| Parque Natural Municipal Raimundo Paraguassu de Oliveira | Rondônia | 3,91 km² |
| Parque Natural Municipal da Barra do Rio Grande | — | 3,88 km² |
 Parque Natural Municipal Professor João Vasconcelos Sobrinho | Caruaru | 3,52 km² |
| Parque Natural Municipal do Forte de Tamandare | — | 3,47 km² |
 Parque Natural Municipal do Forte de Tamandaré | Tamandaré | 3,47 km² |
| Parque Municipal Natural Mozart Rocha Loures | — | 3,20 km² |
| Parque Natural Municipal Mozart Rocha Loures | Paraná | 3,20 km² |
| Parque Natural Municipal Boca da Mata | — | 3,14 km² |
| Parque Municipal Ernesto Bertaso Neto | — | 3,04 km² |
 Parque Municipal de Mucugê | Mucugê | 2,70 km² |
| Parque Natural Municipal Waldir Loureiro de Almeida | — | 2,66 km² |
| Parque Natural Municipal Marcelina Ravanello | Paraná | 2,60 km² |
| Parque Natural Municipal das Piabas | — | 2,42 km² |
| Parque Natural Municipal das Piasbas | Rio de Janeiro | 2,42 km² |
 Parque Natural Municipal Goiapaba-Açu | Fundão | 2,35 km² |
| Parque Natural Municipal Cabeceiras do Aricanduva | — | 2,27 km² |
| Parque Natural Municipal do Manguezal do Itacorubi - Fritz Müller | Santa Catarina | 2,12 km² |
| Parque Natural Municipal Fazenda Santa Maria | Espírito Santo | 2,11 km² |
| Parque Natural Municipal Sumidouro | — | 2,10 km² |
 Parque Natural Municipal Bosque da Barra | Rio de Janeiro | 1,68 km² |
| Parque Natural Municipal Morro da Manteigueira | Espírito Santo | 1,61 km² |
| Parque Natural Municipal Maria Bonita | — | 1,58 km² |
| Parque Natural Municipal Cotia-pará | — | 1,53 km² |