| Parque Natural Municipal de Japeri | — | 1,49 km² |
| Parque Natural Municipal Antônio Sansão Pacheco | — | 1,47 km² |
| Parque Natural Municipal de Rondonópolis | Mato Grosso | 1,46 km² |
| Parque Natural Municipal Rocha Negra | — | 1,38 km² |
 Parque Natural Municipal do Morro da Cruz | Florianópolis | 1,30 km² |
| Parque Natural Morro do Osso | — | 1,28 km² |
| Parque Natural Municipal Nascente do Rio Taquari | Mato Grosso | 1,23 km² |
| Parque Natural Municipal Apido Paru | Mato Grosso | 1,17 km² |
| Parque Natural Municipal dos Pinheiros | Rio Grande do Sul | 1,17 km² |
| Parque Natural Municipal Salito João Fiorentin | Paraná | 1,16 km² |
| Parque Natural Municipal Maracajá | — | 1,10 km² |
| Parque Natural Municipal da Cultura Negra - Sítio da Candinha | São Paulo | 1,09 km² |
| Parque Natural Municipal Berra Onça | Espírito Santo | 1,06 km² |
| Parque Natural Municipal do Córrego Lucas | Mato Grosso | 1,03 km² |
| Parque Natural Municipal Volta Redonda | — | 1,03 km² |
| Parque Natural Municipal Monte Azul | — | 0,96 km² |
| Parque Natural Municipal Sabiá-laranjeira de Rosal. | — | 0,94 km² |
| Parque Natural Municipal Córrego da Luz | Rio de Janeiro | 0,92 km² |
 Parque Natural Municipal do Morro do Pai Inácio | Palmeiras | 0,90 km² |
| Parque Natural Municipal de Bicanga | Espírito Santo | 0,88 km² |
 Parque Natural Municipal Morro do Ouro | Apiaí | 0,84 km² |
| Parque Natural Municipal José Mulato | Rio Grande do Norte | 0,82 km² |
| Parque Natural Municipal do Escondidinho | Mato Grosso | 0,81 km² |
| Parque Natural Municipal Rio Piçarras | Santa Catarina | 0,75 km² |
| Parque Natural Municipal Salto do Sucuriú | — | 0,71 km² |
| Parque Natural Municipal Serra Azul | — | 0,71 km² |
| Parque Natural Municipal Floresta do Baldeador | Rio de Janeiro | 0,70 km² |
 Parque Natural Municipal da Muritiba | Lençóis | 0,66 km² |
| Parque Natural Municipal Águas do Araguaia | — | 0,66 km² |
 Parque Natural Municipal Cachoeira da Marta | Botucatu | 0,64 km² |
| Parque Natural Municipal da Água Escondida | Rio de Janeiro | 0,62 km² |
 Parque Natural Municipal Nascentes de Paranapiacaba | Paranapiacaba | 0,60 km² |
| Parque Natural Municipal das Capivaras | Mato Grosso do Sul | 0,56 km² |
| Parque Natural Municipal das Dunas e Restingas de Tucuns | — | 0,56 km² |
| Parque Natural Municipal Morro da Torre Onça Feliz | — | 0,56 km² |
| Parque Natural Municipal Bosque da Barra | Rio de Janeiro | 0,54 km² |
| Parque Natural Municipal Armando Rosa | — | 0,51 km² |
| Parque Natural Municipal de Cabedelo | Paraíba | 0,49 km² |
| Parque Natural Municipal Itiquira - Pnmi | — | 0,48 km² |
| Parque Natural Municipal do Morro dos Ventos | Pará | 0,46 km² |
| Parque Municipal Canaã | — | 0,42 km² |
| Parque Natural Municipal do Distrito de Santa Terezinha | São Paulo | 0,40 km² |
| Parque Natural Municipal Lagoa das Garças | Mato Grosso | 0,39 km² |
 Parque Natural Municipal da Lajinha | Juiz de Fora | 0,38 km² |
| Parque Natural Municipal do Córrego Mimoso | Goiás | 0,37 km² |
 Parque Natural Municipal Gruta da Onça | Espírito Santo | 0,37 km² |
| Parque Natural Municipal Emiliana Marques | — | 0,35 km² |
| Parque Natural Municipal da Mata | — | 0,34 km² |