 Parque Nacional Montanhas do Tumucumaque | Pedra Branca do Amapari | 38.353 km² |
 Parque Nacional do Jaú | Novo Airão | 23.779 km² |
 Parque Nacional do Pico da Neblina | Santa Isabel do Rio Negro | 22.200 km² |
 Parque Nacional do Juruena | Apiacás | 19.566 km² |
 Parque Nacional Mapinguari | Porto Velho | 17.769 km² |
 Parque Nacional da Amazônia | Itaituba | 10.849 km² |
| Parque Nacional do Albardão | — | 10.042 km² |
 Parque Nacional dos Campos Amazônicos | Machadinho d'Oeste | 9.613 km² |
| Parque Nacional do Acari | Borba | 8.964 km² |
 Parque Nacional do Jamanxim | Itaituba | 8.598 km² |
 Parque Nacional da Serra do Divisor | Porto Walter | 8.362 km² |
| Parque Nacional da Serra das Confusões | — | 8.238 km² |
| Parque Nacional Nascentes do Lago Jari | Tapauá | 8.127 km² |
 Parque Nacional de Pacaás Novos | Alvorada d'Oeste | 7.648 km² |
 Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba | Lizarda | 7.498 km² |
 Parque Nacional do Araguaia | Lagoa da Confusão | 5.555 km² |
 Parque Nacional do Rio Novo | Itaituba | 5.381 km² |
 Parque Nacional da Serra do Pardo | Altamira | 4.454 km² |
 Parque Nacional do Cabo Orange | Oiapoque | 4.377 km² |
 Parque Nacional Serra da Mocidade | Barcelos | 3.510 km² |
 Parque Nacional de Anavilhanas | Manaus | 3.500 km² |
| Parque Nacional do Boqueirão da Onça | Juazeiro | 3.469 km² |
| Parque Nacional da Serra da Cutia | Rondônia | 2.835 km² |
| Parque Nacional Serra da Cutia | — | 2.835 km² |
| Parque Nacional do Viruá | — | 2.810 km² |
 Parque Nacional Serra das Confusões | Piauí | 2.584 km² |
 Parque Nacional Grande Sertão Veredas | Formoso | 2.308 km² |
 Parque Nacional Viruá | Roraima | 2.270 km² |
 Parque Nacional da Serra da Canastra | Sacramento | 1.979 km² |
 Parque Nacional da Chapada das Mesas | Estreito | 1.600 km² |
 Parque Nacional do Pantanal Matogrossense | Poconé | 1.356 km² |
| Parque Nacional das Sempre-vivas | — | 1.266 km² |
 Parque Nacional das Sempre Vivas | Minas Gerais | 1.241 km² |
 Parque Nacional do Monte Roraima | Uiramutã | 1.151 km² |
 Parque Nacional Marinho dos Abrolhos | Caravelas | 880 km² |
| Parque Nacional dos Campos Ferruginosos | Canaã dos Carajás | 791 km² |
 Parque Nacional da Serra da Bodoquena | Bonito | 787 km² |
 Parque Nacional de Ilha Grande | Naviraí | 761 km² |
 Parque Nacional da Chapada dos Veadeiros | Nova Roma | 647 km² |
 Parque Nacional do Catimbau | Ibimirim | 623 km² |
 Parque Nacional da Serra do Teixeira | Santana dos Garrotes | 611 km² |
 Parque Nacional da Serra do Itajaí | Blumenau | 569 km² |
 Parque Nacional de São Joaquim | Bom Jardim da Serra | 493 km² |
 Parque Nacional Guaricana | Morretes | 493 km² |
 Parque Nacional de Brasília | Brasília | 424 km² |
 Parque Nacional da Lagoa do Peixe | Tavares | 367 km² |
 Parque Nacional da Chapada dos Guimarães | Cuiabá | 330 km² |
 Parque Nacional de Caparaó | Dores do Rio Preto | 318 km² |