 Parque Nacional da Serra do Cipó | Itambé do Mato Dentro | 316 km² |
 Parque Nacional da Serra do Gandarela | Itabirito | 313 km² |
| Parque Nacional de Itatiaia | — | 281 km² |
 Parque Nacional do Itatiaia | Rio de Janeiro | 281 km² |
 Parque Nacional de Boa Nova | Dário Meira | 270 km² |
 Parque Nacional de Saint-Hilaire/Lange | Morretes | 244 km² |
| Parque Nacional e Histórico do Monte Pascoal | Porto Seguro | 222 km² |
 Parque Nacional dos Campos Gerais | Castro | 215 km² |
 Parque Nacional do Descobrimento | Prado | 211 km² |
 Parque Nacional do Alto Cariri | Guaratinga | 192 km² |
| Parque Nacional do Pau Brasil | — | 189 km² |
 Parque Nacional da Serra Geral | Praia Grande | 173 km² |
| Parque Nacional da Restinga de Jurubatiba | — | 149 km² |
 Parque Nacional Restinga de Jurubatiba | Rio de Janeiro | 149 km² |
 Parque Nacional de Aparados da Serra | Praia Grande | 131 km² |
 Parque Nacional das Araucárias | Passos Maia | 128 km² |
 Parque Nacional Pau Brasil | Bahia | 115 km² |
| Parque Nacional da Serra das Lontras | Arataca | 113 km² |
 Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha | Fernando de Noronha | 113 km² |
 Parque Nacional da Serra dos Órgãos | Petrópolis | 110 km² |
 Parque Nacional de Jericoacoara | Cruz | 88,6 km² |
 Parque Nacional da Furna Feia | Mossoró | 85,2 km² |
 Parque Nacional da Serra de Itabaiana | Sergipe | 80,2 km² |
 Parque Nacional de Sete Cidades | Piracuruca | 77 km² |
| Parque Nacional Povos Indígenas do Rio Tanaru | Rondônia | 76,4 km² |
 Parque Nacional de Ubajara | Ubajara | 62,7 km² |
 Parque Nacional Cavernas do Peruaçu | Itacarambi | 44,4 km² |
 Parque Nacional da Tijuca | Rio de Janeiro | 39,6 km² |
 Parque Nacional Marinho das Ilhas dos Currais | Pontal do Paraná | 13,6 km² |
 Parque Nacional do Superagui | Guaraqueçaba | 5,43 km² |
 Parque Nacional da Serra da Bocaina | Paraty | 1,73 km² |
 Parque Nacional do Monte Pascoal | Porto Seguro | 0,52 km² |
 Parque Geológico do Varvito | Itu | — |