| Área de Proteção Ambiental do Pico do Goiapaba-Açu | Fundão | 35,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental Carapiá | Quatis | 35,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Serras de Pindobaçu | Pindobaçu | 34,9 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bica do Ipú | Ipu | 34,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Juca Vieira | Caeté | 34,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Ceará - Rio Maranguapinho | Ceará | 34,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Mangue Seco | Bahia | 34,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Costa Dourada | Mucuri | 33,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Coroa Vermelha | Santa Cruz Cabrália | 33,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tambaba | Alhandra | 32,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Sertão Carioca | Rio de Janeiro | 32,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Pardinho e Rio Vermelho | Barra do Turvo | 32,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Cabuçu Tanque Grande | Guarulhos | 32,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Serra do Sambê | Rio Bonito | 31,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Banhado | São José dos Campos | 31,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Engenho Dagua | Porto Feliz | 30,9 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Paulista | Saúde | 30,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Itaoca | São Gonçalo | 30,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Cachoeira do Urubu | Batalha | 30,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cajati | Cajati | 29,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio Capivara | Camaçari | 28,7 km² |
| Àrea de Proteção Ambiental Rio D´ouro | — | 28,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio D'Ouro | Rio de Janeiro | 28,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Nossa Senhora de Santana | Sapucaia | 27,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Triunfo | Natividade | 27,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Ceará | Caucaia | 27,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa do Uruaú | Beberibe | 27,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Planalto do Turvo | Barra do Turvo | 27,2 km² |
| Apa da Serra dos Pretos Forros | Rio de Janeiro | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra dos Pretos Forros | Rio de Janeiro | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Mesquita | Mesquita | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corredores de Biodiversidade de Canela | Canela | 26,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Engenheiro Passos APAEP | Resende | 26,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Águas Claras | Petrolina de Goiás | 26,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Sul | São Paulo | 26,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Monte Mochuara | Cariacica | 26,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa Grande | Vila Velha | 26,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Pacoti | Aquiraz | 26,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Apa da Bacia Hidrográfica do Rio Japuíba | Angra dos Reis | 26,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pedra do Elefante | Nova Venécia | 25,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Serra do Guararu | Guarujá | 25,6 km² |
| Area de Proteção Ambiental Ribeirão D Laje | — | 25,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Mangue Seco | — | 24,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Cambraia | Seropédica | 24,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Minaçu | Minaçu | 24,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Algodoal-Maiandeua | Maracanã | 23,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual Mestre Álvaro | Serra | 23,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jaceruba | Nova Iguaçu | 23,4 km² |