| Área de Proteção Ambiental da Ararinha Azul | Juazeiro | 906 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juqueri Mirim Área I | Corumbataí | 870 km² |
| Área de Proteção Ambiental Águas da Serra | — | 855 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Sabonetal | Jaíba | 854 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha Recifes Serrambi | Ipojuca | 829 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São Bartolomeu | Brasília | 827 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Iguatemi | Sete Quedas | 825 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa de Itaparica | Bahia | 781 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupa, Perimetro Botucatu | São Paulo | 763 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual das Águas Vertentes | — | 763 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lago de Peixe/Angical | Peixe | 755 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Aricá-Açu | Cuiabá | 754 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Rio Guandu | Paracambi | 743 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serras e Brejos do Capibaribe | Brejo da Madre de Deus | 738 km² |
 Área de Proteção Ambiental João Leite | Anápolis | 713 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Apa | Ponta Porã | 709 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nascentes do Rio Paraguai | Alto Paraguai | 709 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Petrópolis | Rio de Janeiro | 682 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Barbado | Bahia | 680 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra Branca / Raso da Catarina | Jeremoabo | 673 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serras da Caatinga | — | 664 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Joanes - Ipitanga | — | 663 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ibitinga | Ibitinga | 639 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Palmas | Porto Nacional | 639 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra do Barbado | Rio de Contas | 637 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão do Poti | Poranga | 633 km² |
 Área de Proteção Ambiental Costa de Itacaré/ Serra Grande | Uruçuca | 626 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Uruçuí-preto | Monte Alegre do Piauí | 601 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Região Serrana de Petrópolis | Magé | 587 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Amambai | Amambai | 585 km² |
| Área de Proteção Ambiental Paytuna | Monte Alegre | 574 km² |
 Área de Proteção Ambiental Águas Vertentes | Minas Gerais | 566 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Córrego Ceroula - Apa do Ceroula | Campo Grande | 565 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Albardão | — | 560 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Tarumã Açu-Tarumã Mirima | Novo Airão | 559 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rota do Sol | Três Forquilhas | 524 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Ouro | Bahia | 507 km² |
| Área de Proteção Ambiental Foz do Rio Santa Tereza | Peixe | 501 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jundiaí | Campo Limpo Paulista | 501 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Araguaia, Córrego Rico, Couto Magalhães e Rio Araguainha, | Alto Araguaia | 488 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Arquipelago de Santana | Macaé | 473 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Pedra do Cavalo | Cachoeira | 472 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Cafuringa | Brasília | 465 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra das Galés e da Portaria | Paraúna | 463 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê-Jumirim | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Uberaba | Uberaba | 455 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Foz do Rio Doce | Aracruz | 454 km² |