 Estação Ecológica do Grão Pará | Oriximiná | 41.935 km² |
 Estação Ecológica da Terra do Meio | Uruará | 33.731 km² |
| Estação Ecológica Juami-Japurá | Japurá | 8.315 km² |
 Estação Ecologica Serra Geral do Tocantins | Formosa do Rio Preto | 7.071 km² |
| Estação Ecológica Alto Maués | Maués | 6.668 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Roraima | 3.064 km² |
| Estação Ecológica Niquiá | — | 3.064 km² |
| Estação Ecológica de Jutaí-Solimões | Santo Antônio do Içá | 2.895 km² |
 Estação Ecológica do Jari | Amapá | 2.311 km² |
| Estação Ecológica de Cuniã | Humaitá | 1.854 km² |
| Estação Ecológica Soldado da Borracha | Porto Velho | 1.791 km² |
| Estação Ecológica de Uruçuí-Una | Baixa Grande do Ribeiro | 1.351 km² |
| Estação Ecológica Mamuru | Juruti | 1.264 km² |
| Estação Ecológica Raso da Catarina | Paulo Afonso | 1.048 km² |
| Estação Ecológica de Maracá | Roraima | 1.035 km² |
| Estação Ecológica do Rio Ronuro | Nova Ubiratã | 1.027 km² |
| Estação Ecológica do Rio Roosevelt | Colniza | 980 km² |
| Estação Ecológica Serra dos Três Irmãos | Porto Velho | 890 km² |
 Estação Ecológica Rio Acre | Assis Brasil | 784 km² |
| Estação Ecológica Samuel | Candeias do Jamari | 690 km² |
| Estação Ecológica Umírizal | Porto Velho | 575 km² |
| Estação Ecológica de Maracá Jipioca | Amapá | 566 km² |
| Estação Ecológica da Serra das Araras | Porto Estrela | 272 km² |
| Estação Ecológica da Chapada da Serra Branca | São Braz do Piauí | 216 km² |
| Estação Ecológica do Rio Madeirinha | Colniza | 137 km² |
 Estação Ecológica do Castanhão | Jaguaribara | 126 km² |
| Estação Ecológica de Aiuaba | Aiuaba | 117 km² |
 Estação Ecológica de Taiamã | Cáceres | 116 km² |
 Estação Ecológica de Águas Emendadas | Planaltina | 91,8 km² |
| Estação Ecológica Jataí | Luiz Antônio | 90 km² |
| Estação Ecológica Rio Flor do Prado | Aripuanã | 85,4 km² |
 Estação Ecológica de Tamoios | Paraty | 84,7 km² |
| Estação Ecológica Serra da Canoa | Floresta | 76,0 km² |
| Estação Ecológica Chapada de Nova Roma | Nova Roma | 69,3 km² |
| Estação Ecológica Mico Leão Preto | São Paulo | 66,8 km² |
 Estação Ecológica Mico-Leão-Preto | São Paulo | 66,8 km² |
| Estação Ecológica da Mata Preta | — | 65,7 km² |
 Estação Ecológica de Mata Preta | Paraná | 65,7 km² |
| Estação Ecológica de Acauã | Minas Gerais | 64,5 km² |
| Estação Ecológica de Murici | Messias | 61,3 km² |
| Estação Ecológica Estadual Aratinga | Itati | 60,4 km² |
| Estação Ecológica do Rio Preto | Santa Rita de Cássia | 48,8 km² |
| Estação Ecológica do Jardim Botânico | distrito federal | 45,0 km² |
 Estação Ecológica Estadual de Guaxindiba | São Francisco de Itabapoana | 32,6 km² |
 Estação Ecológica de Santa Bárbara | Águas de Santa Bárbara | 31,6 km² |
 Estação Ecológica Veredas de Taquarussu | Mato Grosso do Sul | 30,4 km² |
| Estação Ecológica Chaúas | Iguape | 27,0 km² |
 Estação Ecologica Bita e Utinga | Ipojuca | 24,7 km² |