 Estação Ecológica Tupinambás | São Sebastião | 24,6 km² |
| Estação Ecológica Wenceslau Guimarães | Wenceslau Guimarães | 24,2 km² |
 Estação Ecológica dos Caetetus | Gália | 22,2 km² |
 Estação Ecológica de Itirapina | Itirapina | 22,1 km² |
 Estação Ecológica da Guanabara | Guapimirim | 19,4 km² |
 Estação Ecológica de Assis | Assis | 17,5 km² |
| Estação Ecológica Mata do Cedro | Cláudio | 15,6 km² |
| Estação Ecológica do Caiuá | Diamante do Norte | 14,5 km² |
| Estação Ecológica de Pirapitinga | Morada Nova de Minas | 13,8 km² |
 Estação Ecológica de Angatuba | Angatuba | 13,6 km² |
| Estação Ecológica de Santa Maria | São Simão | 13,1 km² |
| Estação Ecológica de Arêdes | Itabirito | 12,9 km² |
| Estação Ecológica do Rio dos Touros | — | 12,2 km² |
| Estação Ecológica Rio dos Touros | Paraná | 12,2 km² |
| Estação Ecológica do Seridó | Serra Negra do Norte | 11,2 km² |
| Estação Ecológica de Mogi-Guaçu | Mogi Guaçu | 9,88 km² |
| Estação Ecológica do Pécem | Caucaia | 9,64 km² |
| Estação Ecológica Municipal Severino Ravanelo | Ceará | 9,64 km² |
| Estação Ecológica Bananal | Bananal | 8,85 km² |
| Estação Ecológica Municipal Ilha do Lameirão | Vitória | 8,72 km² |
| Estação Ecológica Rio das Pombas | Paranaguá | 8,55 km² |
 Estação Ecológica de Carijós | Santa Catarina | 7,59 km² |
 Estação Ecológica de Avaré | Avaré | 7,20 km² |
| Estação Ecológica de Paranapanema | Paranapanema | 6,35 km² |
 Estação Ecológica de Marília | Marília | 5,76 km² |
| Estação Ecológica de Fechos | Nova Lima | 5,64 km² |
| Estação Ecológica Fernandes Pinheiro | Fernandes Pinheiro | 5,13 km² |
| Estação Ecológica de Paulo de Faria | Paulo de Faria | 4,37 km² |
| Estação Ecológica Municipal Alídio Moretti | União da Vitória | 4 km² |
| Estação Ecológica do Tripuí | Ouro Preto | 3,71 km² |
 Estação Ecológica de Corumbá | Arcos | 3,10 km² |
| Estação Ecológica Municipal Severino Ravanello | Paraná | 3,07 km² |
| Estação Ecológica do Barreiro Rico | Anhembi | 2,97 km² |
| Estação Ecológica de Bauru | Bauru | 2,81 km² |
| Estação Ecológica de Aracuri-Esmeralda | Muitos Capões | 2,77 km² |
| Estação Ecológica do Cercadinho | Belo Horizonte | 2,25 km² |
| Estação Ecológica Monte das Flores | São José do Vale do Rio Preto | 2,14 km² |
| Estação Ecológica Mar de Espanha | Mar de Espanha | 1,87 km² |
| Estação Ecológica Itaberá | Itaberá | 1,78 km² |
 Estação Ecológica do Taim | Rio Grande | 1,74 km² |
| Estação Ecológica do Noroeste Paulista | Mirassol | 1,66 km² |
| Estação Ecológica de Ribeirão Preto | Ribeirão Preto | 1,54 km² |
| Estação Ecológica de Caetés | Paulista | 1,51 km² |
| Estação Ecológica Municipal Carlos Rogério Conrado Schmidt | Pitanga | 1,22 km² |
| Estação Ecológica Mata dos Ausentes | Senador Modestino Gonçalves | 1,04 km² |
| Estação Ecológica de Itapeva | São Paulo | 0,99 km² |
| Estação Ecológica Itapeva | — | 0,97 km² |
 Estação Ecológica de Itapeti | Mogi das Cruzes | 0,89 km² |