| Estação Ecológica Municipal do Caeté | Bragança Paulista | 0,87 km² |
| Estação Ecológica Mata do Jacaré | Brotas | 0,83 km² |
| Estação Ecológica do Pau Brasil | Mamanguape | 0,82 km² |
| Estação Ecológica Ibicatu | Piracicaba | 0,82 km² |
 Estação Ecológica dos Tupiniquins | Peruíbe | 0,80 km² |
| Estação Ecológica de Água Limpa | Cataguases | 0,71 km² |
| Estação Ecológica do Tanque Grande | Guarulhos | 0,70 km² |
| Estação Ecológica Governador Mario Covas | Sorocaba | 0,53 km² |
| Estação Ecológica da Serra dos Frios | União dos Palmares | 0,48 km² |
| Estação Ecológica Municipal do Pirajibu | Sorocaba | 0,47 km² |
| Estação Ecológica Municipal Guarani | Ribeirão Preto | 0,42 km² |
| Estação Ecológica Curral do Meio | Santana do Ipanema | 0,41 km² |
| Estação Ecológica do Madeira | Porto Velho | 0,23 km² |
| Estação Ecológica Valinhos | Valinhos | 0,18 km² |
 Estação Ecológica de Guaraqueçaba | Guaraqueçaba | 0,13 km² |
 Estação Ecológica Juréia-Itatins | Peruíbe | 0,13 km² |
| Estação Ecológica Bráulio Guedes da Silva | Sorocaba | 0,09 km² |
| Estação Ecológica das Capivaras, Categoria de Proteção Integral | Porto Velho | 0,03 km² |
| Estacão Ecológica dos Banhados de Iguape | São Paulo | — |
| Estação Ecológica Antônio Mujica Nava | — | — |
| Estação Ecológica Campos Naturais de Curitiba - Teresa Urban | — | — |
| Estação Ecológica da Ilha do Medo | Itaparica | — |
 Estação Ecológica da Universidade Federal de Minas Gerais | Belo Horizonte | — |
| Estação Ecológica de Caracaraí | — | — |
| Estação Ecológica de Iquê | — | — |
| Estação Ecológica de São Carlos | São Carlos | — |
| Estação Ecológica do Paraíso | Rio de Janeiro | — |
| Estação Ecológica do Rio da Casca | Campo Verde | — |
| Estação Ecológica Municipal Veredas de Taquarussu | — | — |