| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Igapó-Açu | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Beruri | 3.946 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Costa dos Corais | Área de Proteção Ambiental | Porto de Pedras | 3.943 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio Pandeiros | Área de Proteção Ambiental | Januária | 3.942 km² |
 Floresta Nacional de Carajás | Floresta Nacional | Canaã dos Carajás | 3.913 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Bacias do Rio Aporé e do Rio Sucuriu | Área de Proteção Ambiental | Chapadão do Sul | 3.850 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caverna do Maroaga | Área de Proteção Ambiental | Presidente Figueiredo | 3.747 km² |
| Floresta Nacional Mapiá - Inauini | Floresta Nacional | — | 3.690 km² |
| Floresta Nacional de Mapiá-Inauiní | Floresta Nacional | Amazonas | 3.689 km² |
| Apa Marinha do Litoral Sul | Área de Proteção Ambiental | Cananéia | 3.684 km² |
| Área De Proteção Ambiental Dos Meandros Do Rio Araguaia | Área de Proteção Ambiental | Tocantins | 3.592 km² |
 Área de Proteção Ambiental Meandros do Araguaia | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 3.592 km² |
| Reserva Biológica do Manicoré | Reserva Biológica | Novo Aripuanã | 3.591 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Plataforma Continental do Litoral Norte | Área de Proteção Ambiental | — | 3.528 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio de Janeiro | Área de Proteção Ambiental | Barreiras | 3.527 km² |
 Parque Nacional Serra da Mocidade | parque nacional | Barcelos | 3.510 km² |
 Parque Nacional de Anavilhanas | parque nacional | Manaus | 3.500 km² |
| Parque Nacional do Boqueirão da Onça | parque nacional | Juazeiro | 3.469 km² |
| Reserva Biológica do Jaru | Reserva Biológica | Machadinho d'Oeste | 3.469 km² |
 Reserva Extrativista Rio Pacaás Novos | Reserva Extrativista | Guajará-Mirim | 3.462 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ponta da Baleia / Abrolhos | Área de Proteção Ambiental | Alcobaça | 3.455 km² |
| Reserva Biológica Nascentes da Serra do Cachimbo | Reserva Biológica | — | 3.422 km² |
| Reserva Biológica Nascentes Serra do Cachimbo | Reserva Biológica | Altamira | 3.421 km² |
| Floresta Estadual Aripuanã | floresta etadual | — | 3.287 km² |
| Floresta Estadual Aripuanã | floresta estadual | Amazonas | 3.287 km² |
| Reserva Extrativista Riozinho da Liberdade | Reserva Extrativista | Porto Walter | 3.249 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Mucuri | Área de Proteção Ambiental | Novo Cruzeiro | 3.248 km² |
| Parque Estadual das Nascentes | parque estadual | Rorainópolis | 3.231 km² |
 Parque Estadual Serra do Mar | parque estadual | Paranapiacaba | 3.223 km² |
 Floresta Nacional de Caxiuanã | Floresta Nacional | Porto de Moz | 3.179 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Ibirapuitã | Área de Proteção Ambiental | — | 3.167 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ibirapuitã | Área de Proteção Ambiental | Rio Grande do Sul | 3.165 km² |
 Área de Proteção Ambiental Delta do Parnaiba | Área de Proteção Ambiental | Tutóia | 3.096 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Gregório | Reserva Extrativista | Eirunepé | 3.071 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Sucuriu- Paraíso | Área de Proteção Ambiental | — | 3.065 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Estação Ecológica | Roraima | 3.064 km² |
| Estação Ecológica Niquiá | Estação Ecológica | — | 3.064 km² |
| Reserva Extrativista do Lago do Capanã Grande | Reserva Extrativista | Manicoré | 3.043 km² |
 Reserva Extrativista Rio Xingu | Reserva Extrativista | São Félix do Xingu | 3.030 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Nascente do Rio Sucuriú | Área de Proteção Ambiental | Costa Rica | 2.943 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Paraíba do Sul | Área de Proteção Ambiental | Santa Isabel | 2.926 km² |
| Estação Ecológica de Jutaí-Solimões | Estação Ecológica | Santo Antônio do Içá | 2.895 km² |
| Reserva Extrativista do Médio Juruá | Reserva Extrativista | — | 2.870 km² |
 Reserva Extrativista Médio Juruá | Reserva Extrativista | Amazonas | 2.870 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cochá e Gibão | Área de Proteção Ambiental | Bonito de Minas | 2.855 km² |
| Parque Nacional da Serra da Cutia | parque nacional | Rondônia | 2.835 km² |
| Parque Nacional Serra da Cutia | parque nacional | — | 2.835 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guaraqueçaba | Área de Proteção Ambiental | Campina Grande do Sul | 2.824 km² |
| Parque Nacional do Viruá | parque nacional | — | 2.810 km² |