| Área de Proteção Ambiental Dunas e Veredas do Baixo Médio São Francisco | Área de Proteção Ambiental | Pilão Arcado | 10.249 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilhas e Várzeas do Rio Paraná | Área de Proteção Ambiental | Jateí | 10.052 km² |
| Parque Nacional do Albardão | parque nacional | — | 10.042 km² |
| Floresta Nacional de Pau-Rosa | Floresta Nacional | Borba | 9.846 km² |
 Área de Proteção Ambiental Chapada do Araripe | Área de Proteção Ambiental | Porteiras | 9.726 km² |
 Parque Nacional dos Campos Amazônicos | parque nacional | Machadinho d'Oeste | 9.613 km² |
 Reserva Biológica do Uatumã | Reserva Biológica | Presidente Figueiredo | 9.386 km² |
| Reserva Extrativista Chico Mendes | Reserva Extrativista | Brasiléia | 9.310 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Upaon-Açu / Miritiba / Alto Preguiças | Área de Proteção Ambiental | São José de Ribamar | 9.228 km² |
 Mosaico do Espinhaço | área protegida do Brasil | Minas Gerais | 9.100 km² |
| Parque Nacional do Acari | parque nacional | Borba | 8.964 km² |
| Floresta Estadual de Tapauá | floresta etadual | — | 8.814 km² |
| Floresta Estadual de Tapauá | floresta estadual | Amazonas | 8.814 km² |
| Parque Estadual Marituba | parque estadual | Barra dos Coqueiros | 8.814 km² |
 Floresta Nacional de Tefé | Floresta Nacional | Juruá | 8.651 km² |
 Parque Nacional do Jamanxim | parque nacional | Itaituba | 8.598 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Unini | Reserva Extrativista | Amazonas | 8.497 km² |
| Reserva Extrativista Rio Unini | Reserva Extrativista | — | 8.497 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pouso Alto | Área de Proteção Ambiental | Cavalcante | 8.395 km² |
 Parque Nacional da Serra do Divisor | parque nacional | Porto Walter | 8.362 km² |
| Estação Ecológica Juami-Japurá | Estação Ecológica | Japurá | 8.315 km² |
| Parque Nacional da Serra das Confusões | parque nacional | — | 8.238 km² |
| Parque Nacional Nascentes do Lago Jari | parque nacional | Tapauá | 8.127 km² |
 Cué-cué/Marabitanas Indigenous Territory | área protegida do Brasil | — | 8.090 km² |
| Parque Estadual Sucunduri | parque estadual | Apuí | 7.962 km² |
| Parque Estadual Verde Grande | parque estadual | Minas Gerais | 7.962 km² |
| Reserva Extrativista Ituxí | Reserva Extrativista | Lábrea | 7.763 km² |
| Parque Estadual de Mirador | parque estadual | Mirador | 7.668 km² |
 Parque Nacional de Pacaás Novos | parque nacional | Alvorada d'Oeste | 7.648 km² |
| Reserva Extrativista do Cazumbá-Iracema | Reserva Extrativista | Sena Madureira | 7.557 km² |
| Floresta Nacional do Aripuanã | Floresta Nacional | Apuí | 7.513 km² |
 Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba | parque nacional | Lizarda | 7.498 km² |
| Terra Indígena Enawenê-Nawê | terra indígena no Brasil | Mato Grosso | 7.421 km² |
 Floresta Nacional do Crepori | Floresta Nacional | Jacareacanga | 7.404 km² |
| Reserva Extrativista Riozinho do Anfrísio | Reserva Extrativista | Altamira | 7.370 km² |
| Floresta Nacional Altamira | Floresta Nacional | Pará | 7.255 km² |
| Floresta Nacional de Altamira | Floresta Nacional | — | 7.255 km² |
 Estação Ecologica Serra Geral do Tocantins | Estação Ecológica | Formosa do Rio Preto | 7.071 km² |
 Parque Estadual Chandless | parque estadual | Santa Rosa do Purus | 6.930 km² |
| Floresta Nacional do Amaná | Floresta Nacional | Itaituba | 6.827 km² |
| Reserva Extrativista Tapajós-arapiuns | Reserva Extrativista | — | 6.773 km² |
 Reserva Extrativista Tapajós Arapiuns | Reserva Extrativista | Pará | 6.742 km² |
| Terra Indígena Zoé | terra indígena no Brasil | — | 6.690 km² |
| Estação Ecológica Alto Maués | Estação Ecológica | Maués | 6.668 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itapará - Boiaçu | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | — | 6.228 km² |
| Reserva de Desenvolvimento Sustentável Itã-Boiaçu | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Roraima | 6.228 km² |
| Reserva Biológica do Guaporé | Reserva Biológica | São Miguel do Guaporé | 6.145 km² |
| Floresta Estadual de Faro | floresta etadual | — | 6.140 km² |