| Estação Ecológica do Barreiro Rico | Estação Ecológica | Anhembi | 2,97 km² |
| Estação Ecológica de Bauru | Estação Ecológica | Bauru | 2,81 km² |
| Estação Ecológica de Aracuri-Esmeralda | Estação Ecológica | Muitos Capões | 2,77 km² |
| Reserva Biológica do Parazinho | Reserva Biológica | Macapá | 2,76 km² |
| Reserva Biológica do Parque Equitativa | Reserva Biológica | Duque de Caxias | 2,76 km² |
| Reserva Biológica Estadual Mata Paludosa | Reserva Biológica | Itati | 2,72 km² |
| Reserva Biologica Arco Verde | Reserva Biológica | Rondonópolis | 2,58 km² |
| Estação Ecológica do Cercadinho | Estação Ecológica | Belo Horizonte | 2,25 km² |
| Estação Ecológica Monte das Flores | Estação Ecológica | São José do Vale do Rio Preto | 2,14 km² |
| Estação Ecológica Mar de Espanha | Estação Ecológica | Mar de Espanha | 1,87 km² |
| Estação Ecológica Itaberá | Estação Ecológica | Itaberá | 1,78 km² |
 Estação Ecológica do Taim | Estação Ecológica | Rio Grande | 1,74 km² |
| Estação Ecológica do Noroeste Paulista | Estação Ecológica | Mirassol | 1,66 km² |
| Reserva Biológica do Rio Descoberto | Reserva Biológica | Brasília | 1,57 km² |
| Estação Ecológica de Ribeirão Preto | Estação Ecológica | Ribeirão Preto | 1,54 km² |
| Estação Ecológica de Caetés | Estação Ecológica | Paulista | 1,51 km² |
| Reserva Biológica do Brejo Jardim e Orquídeas | Reserva Biológica | Arraial do Cabo | 1,37 km² |
 Reserva Biológica Estadual do Aguaí | Reserva Biológica | Treviso | 1,33 km² |
| Estação Ecológica Mata dos Ausentes | Estação Ecológica | Senador Modestino Gonçalves | 1,04 km² |
| Reserva Biológica Vale das Princesas | Reserva Biológica | Miguel Pereira | 1 km² |
| Estação Ecológica de Itapeva | Estação Ecológica | São Paulo | 0,99 km² |
| Estação Ecológica Itapeva | Estação Ecológica | — | 0,97 km² |
 Estação Ecológica de Itapeti | Estação Ecológica | Mogi das Cruzes | 0,89 km² |
| Estação Ecológica Municipal do Caeté | Estação Ecológica | Bragança Paulista | 0,87 km² |
| Estação Ecológica Mata do Jacaré | Estação Ecológica | Brotas | 0,83 km² |
| Estação Ecológica do Pau Brasil | Estação Ecológica | Mamanguape | 0,82 km² |
| Estação Ecológica Ibicatu | Estação Ecológica | Piracicaba | 0,82 km² |
 Estação Ecológica dos Tupiniquins | Estação Ecológica | Peruíbe | 0,80 km² |
| Estação Ecológica de Água Limpa | Estação Ecológica | Cataguases | 0,71 km² |
| Reserva Biológica das Capivaras | Reserva Biológica | Mato Grosso do Sul | 0,64 km² |
| Reserva Biológica de Andradina | Reserva Biológica | Andradina | 0,64 km² |
| Reserva Biológica do Cerradão | Reserva Biológica | Brasília | 0,54 km² |
| Estação Ecológica Governador Mario Covas | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,53 km² |
| Estação Ecológica da Serra dos Frios | Estação Ecológica | União dos Palmares | 0,48 km² |
| Estação Ecológica Municipal do Pirajibu | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,47 km² |
| Reserva Biológica (rebio) Mata dos Guanandis - Simflor Ii | Reserva Biológica | Itapoá | 0,28 km² |
| Estação Ecológica do Madeira | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,23 km² |
| Estação Ecológica Valinhos | Estação Ecológica | Valinhos | 0,18 km² |
 Estação Ecológica de Guaraqueçaba | Estação Ecológica | Guaraqueçaba | 0,13 km² |
 Estação Ecológica Juréia-Itatins | Estação Ecológica | Peruíbe | 0,13 km² |
| Reserva Biológica (Rebio) Mata dos Guanandis - Simflor I | Reserva Biológica | Itapoá | 0,12 km² |
| Estação Ecológica Bráulio Guedes da Silva | Estação Ecológica | Sorocaba | 0,09 km² |
| Estação Ecológica das Capivaras, Categoria de Proteção Integral | Estação Ecológica | Porto Velho | 0,03 km² |
| Reserva Biológica de Pinheiro Grosso | Reserva Biológica | Barbacena | 0,03 km² |