 Estação Ecológica do Grão Pará | Estação Ecológica | Oriximiná | 41.935 km² |
 Estação Ecológica da Terra do Meio | Estação Ecológica | Uruará | 33.731 km² |
 Reserva Biológica de Maicuru | Reserva Biológica | Almeirim | 11.732 km² |
 Reserva Biológica do Uatumã | Reserva Biológica | Presidente Figueiredo | 9.386 km² |
| Estação Ecológica Juami-Japurá | Estação Ecológica | Japurá | 8.315 km² |
 Estação Ecologica Serra Geral do Tocantins | Estação Ecológica | Formosa do Rio Preto | 7.071 km² |
| Estação Ecológica Alto Maués | Estação Ecológica | Maués | 6.668 km² |
| Reserva Biológica do Guaporé | Reserva Biológica | São Miguel do Guaporé | 6.145 km² |
 Reserva Biológica do Rio Trombetas | Reserva Biológica | Oriximiná | 4.078 km² |
| Reserva Biológica do Manicoré | Reserva Biológica | Novo Aripuanã | 3.591 km² |
| Reserva Biológica do Jaru | Reserva Biológica | Machadinho d'Oeste | 3.469 km² |
| Reserva Biológica Nascentes da Serra do Cachimbo | Reserva Biológica | — | 3.422 km² |
| Reserva Biológica Nascentes Serra do Cachimbo | Reserva Biológica | Altamira | 3.421 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Estação Ecológica | Roraima | 3.064 km² |
| Estação Ecológica Niquiá | Estação Ecológica | — | 3.064 km² |
| Estação Ecológica de Jutaí-Solimões | Estação Ecológica | Santo Antônio do Içá | 2.895 km² |
 Reserva Biológica do Gurupi | Reserva Biológica | Centro Novo do Maranhão | 2.712 km² |
 Estação Ecológica do Jari | Estação Ecológica | Amapá | 2.311 km² |
| Reserva Biológica do Abufari | Reserva Biológica | Tapauá | 2.239 km² |
| Estação Ecológica de Cuniã | Estação Ecológica | Humaitá | 1.854 km² |
| Estação Ecológica de Uruçuí-Una | Estação Ecológica | Baixa Grande do Ribeiro | 1.351 km² |
| Estação Ecológica Mamuru | Estação Ecológica | Juruti | 1.264 km² |
| Estação Ecológica Raso da Catarina | Estação Ecológica | Paulo Afonso | 1.048 km² |
| Estação Ecológica de Maracá | Estação Ecológica | Roraima | 1.035 km² |
| Estação Ecológica do Rio Ronuro | Estação Ecológica | Nova Ubiratã | 1.027 km² |
 Reserva Biológica do Tapirapé | Reserva Biológica | São Félix do Xingu | 993 km² |
| Estação Ecológica do Rio Roosevelt | Estação Ecológica | Colniza | 980 km² |
| Estação Ecológica Serra dos Três Irmãos | Estação Ecológica | Porto Velho | 890 km² |
 Estação Ecológica Rio Acre | Estação Ecológica | Assis Brasil | 784 km² |
| Estação Ecológica Samuel | Estação Ecológica | Candeias do Jamari | 690 km² |
| Estação Ecológica Umírizal | Estação Ecológica | Porto Velho | 575 km² |
| Estação Ecológica de Maracá Jipioca | Estação Ecológica | Amapá | 566 km² |
 Reserva Biológica da Mata Escura | Reserva Biológica | Almenara | 509 km² |
 Reserva Biológica Morro dos Seis Lagos | Reserva Biológica | São Gabriel da Cachoeira | 383 km² |
 Reserva Biológica Atol das Rocas | Reserva Biológica | Rio Grande do Norte | 352 km² |
| Reserva Biológica do Atol das Rocas | Reserva Biológica | — | 352 km² |
| Reserva Biológica Bom Jesus | Reserva Biológica | Antonina | 342 km² |
| Estação Ecológica da Serra das Araras | Estação Ecológica | Porto Estrela | 272 km² |
 Reserva Biológica do Tinguá | Reserva Biológica | Miguel Pereira | 248 km² |
 Reserva Biológica de Sooretama | Reserva Biológica | Vila Valério | 240 km² |
| Estação Ecológica da Chapada da Serra Branca | Estação Ecológica | São Braz do Piauí | 216 km² |
 Reserva Biológica Marinha do Arvoredo | Reserva Biológica | Bombinhas | 168 km² |
| Reserva Biológica das Araucárias | Reserva Biológica | Fernandes Pinheiro | 149 km² |
| Estação Ecológica do Rio Madeirinha | Estação Ecológica | Colniza | 137 km² |
 Estação Ecológica do Castanhão | Estação Ecológica | Jaguaribara | 126 km² |
| Estação Ecológica de Aiuaba | Estação Ecológica | Aiuaba | 117 km² |
 Estação Ecológica de Taiamã | Estação Ecológica | Cáceres | 116 km² |
 Reserva Biológica de Una | Patrimônio Mundial | Una | 114 km² |