| Área de Proteção Ambiental Nhamundá | Área de Proteção Ambiental | Nhamundá | 2.016 km² |
 Área de Proteção Ambiental Fernão Dias | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 1.822 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes do Rio Vermelho | Área de Proteção Ambiental | Jaborandi | 1.763 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Guaraqueçaba | Área de Proteção Ambiental | Pontal do Paraná | 1.741 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sul-RMBH | Área de Proteção Ambiental | Barão de Cocais | 1.644 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Fernando de Noronha | Área de Proteção Ambiental | Pernambuco | 1.544 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Campos de Manicoré | Área de Proteção Ambiental | Manicoré | 1.524 km² |
 Área de Proteção Ambiental Litoral Norte | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 1.447 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Tejupá | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 1.425 km² |
 Área de Proteção Ambiental dos Recifes de Corais | Área de Proteção Ambiental | Touros | 1.362 km² |
 Área de Proteção Ambiental Jalapão | Área de Proteção Ambiental | Ponte Alta do Tocantins | 1.350 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Batalha | Área de Proteção Ambiental | Duartina | 1.340 km² |
 Área de Proteção Ambiental Morro da Pedreira | Área de Proteção Ambiental | Itabira | 1.318 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marimbus / Iraquara | Área de Proteção Ambiental | Palmeiras | 1.249 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía de Todos os Santos | Área de Proteção Ambiental | Simões Filho | 1.246 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía de Camamu | Área de Proteção Ambiental | Itacaré | 1.222 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Machado | Área de Proteção Ambiental | Congonhal | 1.174 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Muricí | Área de Proteção Ambiental | Colônia Leopoldina | 1.161 km² |
 Área de Proteção Ambiental Costa das Algas | Área de Proteção Ambiental | Aracruz | 1.143 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Lajeado | Área de Proteção Ambiental | Tocantínia | 1.119 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Banhado Grande | Área de Proteção Ambiental | Gravataí | 1.045 km² |
 Área de Proteção Ambiental Itupararanga | Área de Proteção Ambiental | Votorantim | 936 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pratigi | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 934 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Ararinha Azul | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 906 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juqueri Mirim Área I | Área de Proteção Ambiental | Corumbataí | 870 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Sabonetal | Área de Proteção Ambiental | Jaíba | 854 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha Recifes Serrambi | Área de Proteção Ambiental | Ipojuca | 829 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São Bartolomeu | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 827 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa de Itaparica | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 781 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupa, Perimetro Botucatu | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 763 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lago de Peixe/Angical | Área de Proteção Ambiental | Peixe | 755 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Aricá-Açu | Área de Proteção Ambiental | Cuiabá | 754 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Rio Guandu | Área de Proteção Ambiental | Paracambi | 743 km² |
 Área de Proteção Ambiental João Leite | Área de Proteção Ambiental | Anápolis | 713 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nascentes do Rio Paraguai | Área de Proteção Ambiental | Alto Paraguai | 709 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Petrópolis | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 682 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Barbado | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 680 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra Branca / Raso da Catarina | Área de Proteção Ambiental | Jeremoabo | 673 km² |
 Área de Proteção Ambiental Quilombos do Médio Ribeira | ecorregião | Barra do Turvo | 647 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ibitinga | Área de Proteção Ambiental | Ibitinga | 639 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Palmas | Área de Proteção Ambiental | Porto Nacional | 639 km² |
 Área de Proteção Ambiental Costa de Itacaré/ Serra Grande | Área de Proteção Ambiental | Uruçuca | 626 km² |
| Área de Proteção Ambiental Paytuna | Área de Proteção Ambiental | Monte Alegre | 574 km² |
 Área de Proteção Ambiental Águas Vertentes | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 566 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Tarumã Açu-Tarumã Mirima | Área de Proteção Ambiental | Novo Airão | 559 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rota do Sol | Área de Proteção Ambiental | Três Forquilhas | 524 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra do Ouro | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 507 km² |
| Área de Proteção Ambiental Foz do Rio Santa Tereza | Área de Proteção Ambiental | Peixe | 501 km² |