| Área de Proteção Ambiental Jundiaí | Área de Proteção Ambiental | Campo Limpo Paulista | 501 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Arquipelago de Santana | Área de Proteção Ambiental | Macaé | 473 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Cafuringa | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 465 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra das Galés e da Portaria | Área de Proteção Ambiental | Paraúna | 463 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê-Jumirim | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia Hidrográfica do Rio Uberaba | Área de Proteção Ambiental | Uberaba | 455 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra Geral de Goiás | Área de Proteção Ambiental | São Domingos | 441 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guadalupe | Área de Proteção Ambiental | Sirinhaém | 439 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Litoral Sul | Área de Proteção Ambiental | Itaporanga d'Ajuda | 439 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bonfim/Guaraíra | Área de Proteção Ambiental | Arez | 425 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Descoberto | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Tabatinga | Área de Proteção Ambiental | Barreiras do Piauí | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental Silveiras | Área de Proteção Ambiental | Silveiras | 415 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piquiri-Una | Área de Proteção Ambiental | Pedro Velho | 413 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra Dona Francisca | Área de Proteção Ambiental | Joinville | 405 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sapucaí Mirim | Área de Proteção Ambiental | Santo Antônio do Pinhal | 388 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba | Área de Proteção Ambiental | Itabira | 380 km² |
 Área de Proteção Ambiental Carste de Lagoa Santa | Área de Proteção Ambiental | Funilândia | 377 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cabreuva | Área de Proteção Ambiental | Itu | 370 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra Dourada | Área de Proteção Ambiental | Mossâmedes | 370 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Macaé de Cima | Área de Proteção Ambiental | Nova Friburgo | 350 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santo Antônio | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 334 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baleia Franca | Área de Proteção Ambiental | Balneário Rincão | 330 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cairuçu | Área de Proteção Ambiental | Paraty | 326 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Onças | Área de Proteção Ambiental | São João do Tigre | 319 km² |
 Área de Proteção Ambiental Aldeia-Beberibe | Área de Proteção Ambiental | Araçoiaba | 317 km² |
 Área de Proteção Ambiental Tinharé / Boipeba | Área de Proteção Ambiental | Cairu | 311 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra de Baturité | Área de Proteção Ambiental | Redenção | 302 km² |
| Área de Proteção Ambiental Igarapé São Francisco | Área de Proteção Ambiental | Bujari | 300 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Meruoca | Área de Proteção Ambiental | Sobral | 294 km² |
 Área de Proteção Ambiental Campos do Jordão | Área de Proteção Ambiental | Campos do Jordão | 289 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Geraldo do Araguaia | Área de Proteção Ambiental | São Geraldo do Araguaia | 267 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Santa Cruz | Área de Proteção Ambiental | Ilha de Itamaracá | 255 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Santana do Paraíso | Área de Proteção Ambiental | Santana do Paraíso | 251 km² |
 Área de Proteção Ambiental Municipal do Capivari-Monos | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 251 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santo Antônio | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 250 km² |
| Área de Proteção Ambiental dos Morros Garapenses | Área de Proteção Ambiental | Duque Bacelar | 248 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Mangaratiba | Área de Proteção Ambiental | Mangaratiba | 245 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia dos Ribeirões do Gama e Cabeça de Veado | Área de Proteção Ambiental | distrito federal | 237 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Igarapé Gelado | Área de Proteção Ambiental | Parauapebas | 233 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Delta do Jacuí | Área de Proteção Ambiental | Charqueadas | 228 km² |
 Área de Proteção Ambiental Taruma/Ponta Negra | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 226 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Campinas | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 223 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Alto Iguaçu | Área de Proteção Ambiental | Duque de Caxias | 221 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Rio Curiaú | Área de Proteção Ambiental | Macapá | 219 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corrego da Mata | Área de Proteção Ambiental | Santa Maria de Itabira | 199 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bemposta | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 196 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Macacu | Área de Proteção Ambiental | Itaboraí | 195 km² |