| Área de Proteção Ambiental Conceição da Barra | Área de Proteção Ambiental | Conceição da Barra | 79,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Pau Brasil | Área de Proteção Ambiental | Armação dos Búzios | 78,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Salto Magessi | Área de Proteção Ambiental | Sorriso | 78,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual Pé da Serra Azul | Área de Proteção Ambiental | Barra do Garças | 76,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Alto Taboão | Área de Proteção Ambiental | Espera Feliz | 75,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Pedregulho | Área de Proteção Ambiental | Itu | 75,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pequeno | Área de Proteção Ambiental | Paraná | 73,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Nova | Área de Proteção Ambiental | Fazenda Nova | 71,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Morro de Osório | área protegida | Osório | 69,0 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio dos Frades | Área de Proteção Ambiental | Teresópolis | 68,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Miracema | Área de Proteção Ambiental | Miracema | 67,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Sirinhaém | Área de Proteção Ambiental | Rio Formoso | 65,9 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra da Aratanha | Área de Proteção Ambiental | Guaiúba | 64,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Raposo | Área de Proteção Ambiental | Itaperuna | 61,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Perdição | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 61,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental Roncador | Área de Proteção Ambiental | Pirpirituba | 61,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baía Negra | Área de Proteção Ambiental | Ladário | 59,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Sapiatiba | Área de Proteção Ambiental | São Pedro da Aldeia | 59,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Timóteo | Área de Proteção Ambiental | Timóteo | 58,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Região Metrolpolitana de Belém | Área de Proteção Ambiental | Ananindeua | 56,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Madeira | Área de Proteção Ambiental | Porto Velho | 56,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Itacuru | Área de Proteção Ambiental | Itambé do Mato Dentro | 55,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vargem das Flores | Área de Proteção Ambiental | Betim | 54,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Branca | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 53,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio do Colégio | Área de Proteção Ambiental | São Fidélis | 53,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Tinguá | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 53,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guapi-Mirim | Área de Proteção Ambiental | Itaboraí | 52,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Rio Manso | Área de Proteção Ambiental | Divinópolis de Goiás | 52,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago do Amapá | Área de Proteção Ambiental | Rio Branco | 51,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Norte | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 51,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra do Itapeti | Área de Proteção Ambiental | Mogi das Cruzes | 51,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa Guanandy | Área de Proteção Ambiental | Itapemirim | 48,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra São José | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 46,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cavernas do Peruaçu | Área de Proteção Ambiental | Januária | 46,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bom Jesus | Área de Proteção Ambiental | Bom Jesus do Galho | 45,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Entorno Costeiro | Área de Proteção Ambiental | Florianópolis | 44,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Ribeira | Área de Proteção Ambiental | Quissamã | 43,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Iguaçú | Área de Proteção Ambiental | Curitiba | 42,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Vale do Morro da Torre | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 42,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Canoa-Quebrada | Área de Proteção Ambiental | Aracati | 40 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa da Jijoca | Área de Proteção Ambiental | Jijoca de Jericoacoara | 39,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Dunas de Paracuru | Área de Proteção Ambiental | Paracuru | 39,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Centro | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 37,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Catolé e Fernão Velho | Área de Proteção Ambiental | Maceió | 37,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Plataforma Continental do Litoral Norte | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 36,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Pico do Goiapaba-Açu | Área de Proteção Ambiental | Fundão | 35,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental Carapiá | Área de Proteção Ambiental | Quatis | 35,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bica do Ipú | Área de Proteção Ambiental | Ipu | 34,7 km² |