| Área de Proteção Ambiental Juca Vieira | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 34,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Ceará - Rio Maranguapinho | Área de Proteção Ambiental | Ceará | 34,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental Mangue Seco | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 34,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Coroa Vermelha | Área de Proteção Ambiental | Santa Cruz Cabrália | 33,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tambaba | Área de Proteção Ambiental | Alhandra | 32,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Rio Pardinho e Rio Vermelho | Área de Proteção Ambiental | Barra do Turvo | 32,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Serra do Sambê | Área de Proteção Ambiental | Rio Bonito | 31,5 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Banhado | Área de Proteção Ambiental | São José dos Campos | 31,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Itaoca | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 30,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cajati | Área de Proteção Ambiental | Cajati | 29,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio Capivara | Área de Proteção Ambiental | Camaçari | 28,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental Rio D'Ouro | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 28,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa do Uruaú | Área de Proteção Ambiental | Beberibe | 27,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Planalto do Turvo | Área de Proteção Ambiental | Barra do Turvo | 27,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra dos Pretos Forros | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 27,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Engenheiro Passos APAEP | Área de Proteção Ambiental | Resende | 26,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Marinha do Litoral Sul | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 26,5 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Monte Mochuara | Área de Proteção Ambiental | Cariacica | 26,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa Grande | Área de Proteção Ambiental | Vila Velha | 26,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Pacoti | Área de Proteção Ambiental | Aquiraz | 26,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pedra do Elefante | Área de Proteção Ambiental | Nova Venécia | 25,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Serra do Guararu | Área de Proteção Ambiental | Guarujá | 25,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Cambraia | Área de Proteção Ambiental | Seropédica | 24,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Minaçu | Área de Proteção Ambiental | Minaçu | 24,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Algodoal-Maiandeua | Área de Proteção Ambiental | Maracanã | 23,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual Mestre Álvaro | Área de Proteção Ambiental | Serra | 23,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jaceruba | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 23,4 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tamoios | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 22,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Região do Maracanã | Área de Proteção Ambiental | São Luís | 21,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Pedra Lisa | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 21,8 km² |
| Aréa de Proteção Ambiental de Ribeirãozinho e Alcantilado do Rio Araguaia | Área de Proteção Ambiental | Ribeirãozinho | 21,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Primavera | Área de Proteção Ambiental | Santa Bárbara de Goiás | 21,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoas de Guarajuba | Área de Proteção Ambiental | Camaçari | 20,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Brilhante | Área de Proteção Ambiental | Itajaí | 20,1 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Foz do Rio das Preguiças - Pequenos Lençóis - Região Lagunar Adjacente | Área de Proteção Ambiental | Araioses | 18,8 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Jenipabu | Área de Proteção Ambiental | Rio Grande do Norte | 18,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Santa Fé | Área de Proteção Ambiental | Três Rios | 18,1 km² |
| Área de Preservação Ambiental do Córrego da Lagoa | Área de Proteção Ambiental | Ouvidor | 18,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Manguezal da Barra Grande | Área de Proteção Ambiental | Icapuí | 17,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Cima | Área de Proteção Ambiental | Campos dos Goytacazes | 17,1 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lagamar do Cauipe | Área de Proteção Ambiental | Caucaia | 16,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Bolívia | Área de Proteção Ambiental | Aperibé | 16,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Fanha | Área de Proteção Ambiental | Alto Horizonte | 15,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Carapeba Boa | Área de Proteção Ambiental | Carapebus | 15,6 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Ilha do Combu | Área de Proteção Ambiental | Belém | 15,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Palmares - APA Palmares | Área de Proteção Ambiental | Paty do Alferes | 15 km² |
| Área de Proteção Ambiental Descoberto | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 14,2 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Engenho Pequeno | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 13,6 km² |