 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de Trindade e Martim Vaz | Área de Proteção Ambiental | — | 403.847 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago de São Pedro e São Paulo | Área de Proteção Ambiental | Natal | 384.127 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Arquipélago do Marajó | Área de Proteção Ambiental | Cachoeira do Arari | 45.248 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tapuruquara | Área de Proteção Ambiental | Santa Isabel do Rio Negro | 30.425 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Reentrâncias Maranhenses | Área de Proteção Ambiental | Bacuri | 26.338 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Tapajós | Área de Proteção Ambiental | Itaituba | 20.403 km² |
| Área de Proteção Ambiental Triunfo do Xingu | Área de Proteção Ambiental | São Félix do Xingu | 16.796 km² |
| Área de Proteção Ambiental Xeriuini | Área de Proteção Ambiental | Caracaraí | 16.717 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilha do Bananal/Cantão | Área de Proteção Ambiental | Dois Irmãos do Tocantins | 15.700 km² |
| Área de Proteção Ambiental - Baixo Rio Branco | Área de Proteção Ambiental | Roraima | 15.647 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lago de Sobradinho | Área de Proteção Ambiental | Pilão Arcado | 12.356 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Rio Preto | Área de Proteção Ambiental | Santa Rita de Cássia | 11.469 km² |
| Área de Proteção Ambiental Dunas e Veredas do Baixo Médio São Francisco | Área de Proteção Ambiental | Pilão Arcado | 10.249 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ilhas e Várzeas do Rio Paraná | Área de Proteção Ambiental | Jateí | 10.052 km² |
 Área de Proteção Ambiental Chapada do Araripe | Área de Proteção Ambiental | Porteiras | 9.726 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Upaon-Açu / Miritiba / Alto Preguiças | Área de Proteção Ambiental | São José de Ribamar | 9.228 km² |
| Área de Proteção Ambiental Pouso Alto | Área de Proteção Ambiental | Cavalcante | 8.395 km² |
 Área de Proteção Ambiental Margem Esquerda do Rio Negro-Setor Aturiá-Apuauzinho | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 5.683 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Lago de Tucurui | Área de Proteção Ambiental | Tucuruí | 5.682 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Onça | Área de Proteção Ambiental | Juazeiro | 5.057 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Planalto Central | Área de Proteção Ambiental | Planaltina | 5.034 km² |
 Área de Proteção Ambiental das Cabeceiras do Rio Cuiabá | Área de Proteção Ambiental | Nobres | 4.732 km² |
| Área de Proteção Ambiental Margem Direita do Rio Negro- Setor Paduari-Solimões | Área de Proteção Ambiental | Novo Airão | 4.617 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra da Mantiqueira | Área de Proteção Ambiental | Lavrinhas | 4.375 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra do Mar | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 4.197 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual da Escarpa Devoniana | Área de Proteção Ambiental | Sengés | 4.148 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Presidente Figueiredo - Caverna do Moroaga | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 4.086 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Costa dos Corais | Área de Proteção Ambiental | Porto de Pedras | 3.943 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio Pandeiros | Área de Proteção Ambiental | Januária | 3.942 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Bacias do Rio Aporé e do Rio Sucuriu | Área de Proteção Ambiental | Chapadão do Sul | 3.850 km² |
| Apa Marinha do Litoral Sul | Área de Proteção Ambiental | Cananéia | 3.684 km² |
 Área de Proteção Ambiental Meandros do Araguaia | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 3.592 km² |
 Área de Proteção Ambiental Bacia do Rio de Janeiro | Área de Proteção Ambiental | Barreiras | 3.527 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ponta da Baleia / Abrolhos | Área de Proteção Ambiental | Alcobaça | 3.455 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Mucuri | Área de Proteção Ambiental | Novo Cruzeiro | 3.248 km² |
 Área de Proteção Ambiental Ibirapuitã | Área de Proteção Ambiental | Rio Grande do Sul | 3.165 km² |
 Área de Proteção Ambiental Delta do Parnaiba | Área de Proteção Ambiental | Tutóia | 3.096 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Paraíba do Sul | Área de Proteção Ambiental | Santa Isabel | 2.926 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cochá e Gibão | Área de Proteção Ambiental | Bonito de Minas | 2.855 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guaraqueçaba | Área de Proteção Ambiental | Campina Grande do Sul | 2.824 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piracicaba Juquerí-Mirim Área II | Área de Proteção Ambiental | Monte Alegre do Sul | 2.785 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 2.748 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cuesta Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | Dois Córregos | 2.727 km² |
 Área de Proteção Ambiental Sistema Cantareira | Área de Proteção Ambiental | Piracaia | 2.541 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Chapada dos Guimarães | Área de Proteção Ambiental | Chapada dos Guimarães | 2.534 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caminhos Ecológicos da Boa Esperança | Área de Proteção Ambiental | Cairu | 2.320 km² |
 Área de Proteção Ambiental Estadual da Serra da Esperança | Área de Proteção Ambiental | Paulo Frontin | 2.045 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cananéia-Iguapé-Peruíbe | Área de Proteção Ambiental | Iguape | 2.020 km² |