 Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Mundaú | Área de Proteção Ambiental | Itapipoca | 13,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal da Lagoa Jacuném | Área de Proteção Ambiental | Serra | 13,3 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoas e Dunas do Abaeté | Área de Proteção Ambiental | Salvador | 12,4 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Cobre / São Bartolomeu | Área de Proteção Ambiental | Salvador | 11,7 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tinguazinho | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 11,0 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Tartarugas | Área de Proteção Ambiental | Anchieta | 10,9 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municípal Manguezal Sul da Serra | Área de Proteção Ambiental | Serra | 10,6 km² |
| Área de Proteção Ambiental Retiro | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 10,3 km² |
| Área de Proteção Ambiental Represa Bairro da Usina | Área de Proteção Ambiental | Atibaia | 9,97 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Maricá | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 9,69 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Campo Grande | Área de Proteção Ambiental | Campinas | 9,45 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guandú-Açu | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 9,36 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Parque Municipal Ecológico de Marapendi | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 9,35 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal Piracanjubinha | Área de Proteção Ambiental | Gameleira de Goiás | 9,25 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Vargem do Braço | Área de Proteção Ambiental | Santo Amaro da Imperatriz | 9,20 km² |
| Área de Proteção Ambiental Raimundo Irineu Serra | Área de Proteção Ambiental | Rio Branco | 9,08 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Estuário do Rio Curu | Área de Proteção Ambiental | Paraipaba | 8,82 km² |
 Área de Proteção Ambiental Lagoa Encantada | Área de Proteção Ambiental | Ilhéus | 8,81 km² |
 Área de Proteção Ambiental Parque e Fazenda do Carmo | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 8,66 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Corrego Capao Grande | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 8 km² |
 Área de Proteção Ambiental de São Bento | Área de Proteção Ambiental | Duque de Caxias | 7,66 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baía de Paraty | Área de Proteção Ambiental | Paraty | 7,43 km² |
| Área de Proteção Ambiental Torre de Pedra | Área de Proteção Ambiental | Marzagão | 6,95 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Orla Marítima da Baía de Sepetiba | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 6,74 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Maciço Central | Área de Proteção Ambiental | Vitória | 6,39 km² |
| Área de Proteção Ambiental Waldeir Gonçalves - Serra do Itaóca | Área de Proteção Ambiental | Campos dos Goytacazes | 6,17 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Saco de Coroa Grande | Área de Proteção Ambiental | Itaguaí | 5,95 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Alto do Gaia | Área de Proteção Ambiental | São Gonçalo | 5,30 km² |
| Área de Proteção Ambiental Monte Urubu | Área de Proteção Ambiental | Anchieta | 5,24 km² |
| Área de Proteção Ambiental Ribeiro Bonito | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 5,16 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Dunas da Lagoinha | Área de Proteção Ambiental | Paraipaba | 4,98 km² |
| Área de Proteção Ambiental Fazenda Capitão Eduardo | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 4,89 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra da Capoeira Grande | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 4,79 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Lagoa Verde | Área de Proteção Ambiental | Rio Grande | 4,71 km² |
 Área de Proteção Ambiental Águas Serra da Piedade | Área de Proteção Ambiental | Caeté | 4,57 km² |
| Área de Proteção Ambiental Palmelo | Área de Proteção Ambiental | Palmelo | 4,51 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Dunas do Litoral Oeste | Área de Proteção Ambiental | Paracuru | 4,36 km² |
| Área de Proteção Ambiental Lagoa Grande | Área de Proteção Ambiental | Goiás | 4,02 km² |
 Área de Proteção Ambiental Baleia Sahy | Área de Proteção Ambiental | São Sebastião | 3,93 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Bairro da Freguesia | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 3,80 km² |
| Área de Proteção Ambiental Córrego do Marimbondo | Área de Proteção Ambiental | Italva | 3,58 km² |
 Área de Proteção Ambiental do Itapiracó | Área de Proteção Ambiental | São José de Ribamar | 3,55 km² |
| Área de Proteção Ambiental Baía das Tartarugas | Área de Proteção Ambiental | Vitória | 3,42 km² |
| Área de Proteção Ambiental Guaibim | Área de Proteção Ambiental | Valença | 3,37 km² |
| Área de Proteção Ambiental das Nascentes de Araguaina | Área de Proteção Ambiental | Araguaína | 2,99 km² |
| Área de Proteção Ambiental Municipal do Morro do Vilante | Área de Proteção Ambiental | Serra | 2,50 km² |
| Área de Proteção Ambiental Morro Agudo | Área de Proteção Ambiental | Nova Iguaçu | 2,45 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jurema | Área de Proteção Ambiental | Arapiraca | 2,43 km² |