 Parque Nacional Montanhas do Tumucumaque | parque nacional | Pedra Branca do Amapari | 38.353 km² |
 Parque Nacional do Jaú | parque nacional | Novo Airão | 23.779 km² |
 Parque Nacional do Pico da Neblina | parque nacional | Santa Isabel do Rio Negro | 22.200 km² |
 Parque Nacional do Juruena | parque nacional | Apiacás | 19.566 km² |
 Parque Estadual Serra do Aracá | parque natural | Barcelos | 18.703 km² |
 Parque Nacional Mapinguari | parque nacional | Porto Velho | 17.769 km² |
 Parque Nacional da Amazônia | parque nacional | Itaituba | 10.849 km² |
| Parque Nacional do Albardão | parque nacional | — | 10.042 km² |
 Parque Nacional dos Campos Amazônicos | parque nacional | Machadinho d'Oeste | 9.613 km² |
| Parque Nacional do Acari | parque nacional | Borba | 8.964 km² |
 Parque Nacional do Jamanxim | parque nacional | Itaituba | 8.598 km² |
 Parque Nacional da Serra do Divisor | parque nacional | Porto Walter | 8.362 km² |
| Parque Nacional da Serra das Confusões | parque nacional | — | 8.238 km² |
| Parque Nacional Nascentes do Lago Jari | parque nacional | Tapauá | 8.127 km² |
| Parque Estadual Sucunduri | parque estadual | Apuí | 7.962 km² |
| Parque Estadual Verde Grande | parque estadual | Minas Gerais | 7.962 km² |
| Parque Estadual de Mirador | parque estadual | Mirador | 7.668 km² |
 Parque Nacional de Pacaás Novos | parque nacional | Alvorada d'Oeste | 7.648 km² |
 Parque Nacional das Nascentes do Rio Parnaíba | parque nacional | Lizarda | 7.498 km² |
 Parque Estadual Chandless | parque estadual | Santa Rosa do Purus | 6.930 km² |
| Parque Estadual Ambiental das Árvores Gigantes da Amazônia | parque estadual | — | 5.594 km² |
 Parque Nacional do Araguaia | parque nacional | Lagoa da Confusão | 5.555 km² |
 Parque Nacional do Rio Novo | parque nacional | Itaituba | 5.381 km² |
| Parque Estadual do Matupiri | parque estadual | Borba | 5.096 km² |
 Parque Nacional da Serra do Pardo | parque nacional | Altamira | 4.454 km² |
 Parque Nacional do Cabo Orange | parque nacional | Oiapoque | 4.377 km² |
 Parque Nacional Serra da Mocidade | parque nacional | Barcelos | 3.510 km² |
 Parque Nacional de Anavilhanas | parque nacional | Manaus | 3.500 km² |
| Parque Nacional do Boqueirão da Onça | parque nacional | Juazeiro | 3.469 km² |
 Parque Estadual Serra do Mar | parque estadual | Paranapiacaba | 3.223 km² |
| Parque Nacional da Serra da Cutia | parque nacional | Rondônia | 2.835 km² |
| Parque Nacional Serra da Cutia | parque nacional | — | 2.835 km² |
| Parque Nacional do Viruá | parque nacional | — | 2.810 km² |
 Parque Nacional Serra das Confusões | parque nacional | Piauí | 2.584 km² |
 Parque Nacional Grande Sertão Veredas | parque nacional | Formoso | 2.308 km² |
 Parque Estadual do Cocó | parque estadual | Maracanaú | 2.299 km² |
 Parque Nacional Viruá | parque nacional | Roraima | 2.270 km² |
 Parque Estadual Igarapés do Juruena | parque estadual | Cotriguaçu | 2.238 km² |
| Parque Estadual de Guajará-Mirim | parque estadual | Rondônia | 2.050 km² |
| Parque Estadual de Montezuma | parque estadual | Montezuma | 2.050 km² |
 Parque Nacional da Serra da Canastra | parque nacional | Sacramento | 1.979 km² |
 Parque Nacional do Iguaçu | patrimônio natural | Matelândia | 1.697 km² |
 Parque Nacional da Chapada das Mesas | parque nacional | Estreito | 1.600 km² |
 Parque Estadual do Jalapão | parque estadual | Mateiros | 1.590 km² |
 Parque Estadual Serra Ricardo Franco | parque estadual | Vila Bela da Santíssima Trindade | 1.569 km² |
 Parque Nacional dos Lençóis Maranhenses | patrimônio natural | Primeira Cruz | 1.566 km² |
 Parque Nacional da Chapada Diamantina | museu | Mucugê | 1.521 km² |
| Parque Estadual Rio Negro Setor Norte | parque estadual | Novo Airão | 1.481 km² |