| Reserva Biológica do Guaporé | Reserva Biológica | São Miguel do Guaporé | 6.145 km² |
| Área de Proteção Ambiental Bacia do Paraíba do Sul | Área de Proteção Ambiental | Santa Isabel | 2.926 km² |
 Estação Ecológica do Jari | Estação Ecológica | Amapá | 2.311 km² |
| Reserva Biológica do Abufari | Reserva Biológica | Tapauá | 2.239 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Petrópolis | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 682 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Região Serrana de Petrópolis | Área de Proteção Ambiental | Magé | 587 km² |
 Parque Estadual Carlos Botelho | parque estadual | São Miguel Arcanjo | 401 km² |
| Estação Ecológica da Serra das Araras | Estação Ecológica | Porto Estrela | 272 km² |
 Reserva Biológica de Sooretama | Reserva Biológica | Vila Valério | 240 km² |
| Área de Proteção Ambiental Estadual de Tamoios | Área de Proteção Ambiental | Angra dos Reis | 225 km² |
| Estação Ecológica Jataí | Estação Ecológica | Luiz Antônio | 90 km² |
| Reserva Biológica da Serra Geral | Reserva Biológica | Maquiné | 48,5 km² |
| Reserva Biológica Augusto Ruschi | Reserva Biológica | Santa Teresa | 35,6 km² |
| Reserva Biológica do Córrego do Veado | Reserva Biológica | Pinheiros | 23,8 km² |
 Estação Ecológica da Ilha do Mel | patrimônio natural | Paraná | 23,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Tamoios | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 22,6 km² |
 Parque Ecológico do Tietê | reserva florestal | São Paulo | 14 km² |
| Estação Ecológica do Seridó | Estação Ecológica | Serra Negra do Norte | 11,2 km² |
| Parque Estadual do Papagaio-Charão | parque estadual | Sarandi | 10,1 km² |
| Reserva Biológica de Serra Negra | Reserva Biológica | Inajá | 6,25 km² |
| Reserva Biológica do Ibicuí Mirim | Reserva Biológica | Itaara | 6,02 km² |
| Parque Estadual de Ibicatu | parque estadual | Centenário do Sul | 3,04 km² |
| Estação Ecológica de Ribeirão Preto | Estação Ecológica | Ribeirão Preto | 1,54 km² |
 Estação Ecológica de Guaraqueçaba | Estação Ecológica | Guaraqueçaba | 0,13 km² |
| Estação Ecológica de Caracaraí | Estação Ecológica | — | — |