| Estação Ecológica de Jutaí-Solimões | Estação Ecológica | Santo Antônio do Içá | 2.895 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 2.748 km² |
 Área de Proteção Ambiental Cuesta Corumbataí | Área de Proteção Ambiental | Dois Córregos | 2.727 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cuesta Guarani | Área de Proteção Ambiental | Anhembi | 2.146 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupá, Perimetro Tejupá | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 1.425 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cuesta Parapanema | Área de Proteção Ambiental | Barão de Antonina | 1.425 km² |
 Parque Nacional Marinho dos Abrolhos | parque nacional | Caravelas | 880 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio São Bartolomeu | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 827 km² |
| Área de Proteção Ambiental Corumbataí-Botucatu-Tejupa, Perimetro Botucatu | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 763 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental Tietê-Jumirim | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 462 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio Descoberto | Área de Proteção Ambiental | Brasília | 418 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cairuçu | Área de Proteção Ambiental | Paraty | 326 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Piaçabuçu | Área de Proteção Ambiental | Feliz Deserto | 90,9 km² |
 Reserva Biológica de Saltinho | Reserva Biológica | Tamandaré | 5,63 km² |
 Parque Natural Municipal Professor João Vasconcelos Sobrinho | parque natural municipal | Caruaru | 3,52 km² |
 Parque Natural Municipal Bosque da Barra | parque natural municipal | Rio de Janeiro | 1,68 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre da Ilha dos Lobos | refúgio de vida silvestre | — | 1,42 km² |
 Reserva Biológica Estadual do Aguaí | Reserva Biológica | Treviso | 1,33 km² |
| Refúgio de Vida Silvestre do Pinhão | refúgio de vida silvestre | Paraná | 0,24 km² |
| Parque Estadual de Vila Rica do Espírito Santo | parque estadual | Fênix | — |