 Área de Proteção Ambiental Serra do Mar | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 4.197 km² |
| Floresta Nacional do Jamari | Floresta Nacional | Itapuã do Oeste | 2.222 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Cananéia-Iguapé-Peruíbe | Área de Proteção Ambiental | Iguape | 2.020 km² |
| Estação Ecológica Raso da Catarina | Estação Ecológica | Paulo Afonso | 1.048 km² |
| Área de Proteção Ambiental Jundiaí | Área de Proteção Ambiental | Campo Limpo Paulista | 501 km² |
| Área de Proteção Ambiental Silveiras | Área de Proteção Ambiental | Silveiras | 415 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cabreuva | Área de Proteção Ambiental | Itu | 370 km² |
 Parque Nacional da Serra do Cipó | parque nacional | Itambé do Mato Dentro | 316 km² |
 Área de Proteção Ambiental Campos do Jordão | Área de Proteção Ambiental | Campos do Jordão | 289 km² |
| Área de Proteção Ambiental Cajamar | Área de Proteção Ambiental | Cajamar | 131 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Santa Rita | Área de Proteção Ambiental | Coqueiro Seco | 103 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guapi-Mirim | Área de Proteção Ambiental | Itaboraí | 52,5 km² |
 Estação Ecológica de Santa Bárbara | Estação Ecológica | Águas de Santa Bárbara | 31,6 km² |
 Estação Ecológica de Itirapina | Estação Ecológica | Itirapina | 22,1 km² |
| Estação Ecológica de Mogi-Guaçu | Estação Ecológica | Mogi Guaçu | 9,88 km² |
| Área de Proteção Ambiental de Maricá | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 9,69 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Baía de Paraty | Área de Proteção Ambiental | Paraty | 7,43 km² |
| Reserva Biológica de Comboios | Reserva Biológica | Aracruz | 6,17 km² |
 Monumento Natural Estadual Gruta Rei do Mato | monumento natural | Sete Lagoas | 0,31 km² |
| Refugio Mbaracayú | área protegida do Brasil | — | — |