| Estação Ecológica Juami-Japurá | Estação Ecológica | Japurá | 8.315 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra da Mantiqueira | Área de Proteção Ambiental | Lavrinhas | 4.375 km² |
| Estação Ecológica de Niquiá | Estação Ecológica | Roraima | 3.064 km² |
| Estação Ecológica Niquiá | Estação Ecológica | — | 3.064 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Guaraqueçaba | Área de Proteção Ambiental | Campina Grande do Sul | 2.824 km² |
 Parque Nacional da Chapada Diamantina | museu | Mucugê | 1.521 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico Javari Buriti | Área de Relevante Interesse Ecológico | Santo Antônio do Içá | 132 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Lagoa de Itapetinga | Área de Proteção Ambiental | São Paulo | 126 km² |
| Área de Proteção Ambiental Grutas dos Brejões / Veredas do Romão Gramacho | Área de Proteção Ambiental | Bahia | 119 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico Manguezais da Foz do Rio Mamanguape | Área de Relevante Interesse Ecológico | Rio Tinto | 57,7 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Projeto Dinâmica Biológica de Fragmentos Florestais | Área de Relevante Interesse Ecológico | Rio Preto da Eva | 31,8 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico Capetinga/Taquara | Área de Relevante Interesse Ecológico | Park Way | 20,6 km² |
 Estação Ecológica de Angatuba | Estação Ecológica | Angatuba | 13,6 km² |
| Estação Ecológica de Santa Maria | Estação Ecológica | São Simão | 13,1 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Ilha Ameixal | Área de Relevante Interesse Ecológico | Peruíbe | 3,59 km² |
| Reserva Biológica do Parazinho | Reserva Biológica | Macapá | 2,76 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico Mata de Santa Genebra | Área de Relevante Interesse Ecológico | São Paulo | 2,42 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológica Matão de Cosmópolis | Área de Relevante Interesse Ecológico | São Paulo | 1,73 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Matão de Cosmópolis | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 1,73 km² |
 Área de Relevante Interesse Ecológico Ilhas Queimada Grande e Queimada Pequena | Área de Relevante Interesse Ecológico | Peruíbe | 1,38 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Floresta da Cicuta | Área de Relevante Interesse Ecológico | Barra Mansa | 1,25 km² |
| Estação Ecológica de Itapeva | Estação Ecológica | São Paulo | 0,99 km² |
| Estação Ecológica Itapeva | Estação Ecológica | — | 0,97 km² |
| Reserva Biológica de Andradina | Reserva Biológica | Andradina | 0,64 km² |
| Andradina Biological Reserve | área protegida do Brasil | — | — |
 Parazinho Biological Reserve | área protegida do Brasil | — | — |
| Área de Proteção Ambiental Floresta do Jacarandá | Área de Proteção Ambiental | — | — |