| Caaeteboia amarali | Caaeteboia | segura ou pouco preocupante |
| Caayguara | Sparassidae | — |
| Caecilia armata | Caecilia | dados insuficientes |
 Caligo beltrao | Caligo | — |
 Callicore cyclops | Callicore | — |
| Callicore hydamis | Callicore | — |
 Callicore hydaspes | Callicore | — |
| Calycopis vibulena | Calycopis | — |
| Calyptommatus | Gymnophthalminae | — |
 Canistrum fragrans | Canistrum | — |
| Caparaonia itaiquara | Caparaonia | segura ou pouco preocupante |
| Capeta | Salticidae | — |
| Capidava auriculata | Capidava | — |
 Capitão-de-saíra | Attila | segura ou pouco preocupante |
 Casaca-de-couro-da-lama | Furnarius | segura ou pouco preocupante |
 Cascudo-zebra-imperial | Hypancistrus | espécie em perigo crítico |
| Catanduba | Terafosídeos | — |
 Catoblepia amphirhoe | Catoblepia | — |
 Cattleya hoehnei | Cattleya | — |
 Cattleya munchowiana | Cattleya | — |
 Cattleya praestans | Cattleya | — |
 Caxiú-preto | Chiropotes | espécie ameaçada |
 Cecropia glaziovii | Cecropia | segura ou pouco preocupante |
 Ceratophrys aurita | Ceratophrys | segura ou pouco preocupante |
 Ceratophrys joazeirensis | Ceratophrys | segura ou pouco preocupante |
| Cercosaura quadrilineata | Cercosaura | segura ou pouco preocupante |
| Ceriomura cruenta | Ceriomura | — |
| Chiasmocleis alagoanus | Chiasmocleis | espécie vulnerável |
| Chiasmocleis atlantica | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis avilapiresae | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis capixaba | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis lacrimae | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chiasmocleis leucosticta | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
| Chiasmocleis mehelyi | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chiasmocleis schubarti | Chiasmocleis | segura ou pouco preocupante |
 Chironius brazili | Chironius | — |
 Chironius foveatus | Chironius | segura ou pouco preocupante |
 Chironius laevicollis | Chironius | segura ou pouco preocupante |
 Chiroxiphia bokermanni | Chiroxiphia | espécie em perigo crítico |
| Chthonerpeton braestrupi | Chthonerpeton | dados insuficientes |
| Chthonos pectorosa | Chthonos | — |
| Chthonos quinquemucronata | Chthonos | — |
| Chthonos tuberosa | Chthonos | — |
| Ciniflella lutea | Ciniflella | — |
| Cissus apendiculata | Cissus | — |
| Cissus coccinea | Cissus | — |
| Cissus pulcherrima | Cissus | — |
| Cissus serroniana | Cissus | — |
| Coendou insidiosus | Coendou | segura ou pouco preocupante |
 Coleodactylus brachystoma | Coleodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Coleodactylus meridionalis | Coleodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Colobodactylus | Gymnophthalminae | — |
| Colobodactylus dalcyanus | Colobodactylus | espécie ameaçada |
| Colobodactylus taunayi | Colobodactylus | segura ou pouco preocupante |
 Colobosaura modesta | Colobosaura | segura ou pouco preocupante |
| Colobosauroides | Ecpleopinae | — |
| Copeoglossum arajara | Copeoglossum | segura ou pouco preocupante |
| Corcovetella aemulatrix | Corcovetella | — |
| Coryphasia albibarbis | Coryphasia | — |
 Corythomantis | Hylinae | — |
 Corythomantis greeningi | Corythomantis | segura ou pouco preocupante |
| Cosmopelma | Barychelidae | — |
| Couepia carautae | Couepia | — |
| Crepinella varisiana | Crepinella | — |
| Crossodactylodes | Leptodactylidae | — |
| Crossodactylus aeneus | Crossodactylus | dados insuficientes |
| Crossodactylus boulengeri | Crossodactylus | — |
| Crossodactylus caramaschii | Crossodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Crossodactylus dispar | Crossodactylus | dados insuficientes |
 Crossodactylus gaudichaudii | Crossodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Crossodactylus grandis | Crossodactylus | espécie em perigo crítico |
| Crossodactylus werneri | Crossodactylus | — |
| Cryptanthus pseudoglaziovii | Cryptanthus | — |
| Cryptocellus foedus | Cryptocellus | — |
| Cryptoditha | Tridenchthoniidae | — |
 Ctenomys brasiliensis | Ctenomys | dados insuficientes |
 Ctenomys lami | Ctenomys | espécie vulnerável |
 Cuitelão | Jacamaralcyon | Espécie quase ameaçada |
 Cuspidor-de-máscara-preta | Conopophaga | segura ou pouco preocupante |
 Cycloramphidae | Anura | — |
 Cycloramphus | Cycloramphinae | — |
| Cycloramphus bolitoglossus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus boraceiensis | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus carvalhoi | Cycloramphus | espécie em perigo crítico |
| Cycloramphus eleutherodactylus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus fulginosus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus granulosus | Cycloramphus | espécie em perigo crítico |
| Cycloramphus izecksohni | Cycloramphus | espécie ameaçada |
 Cycloramphus lutzorum | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
 Cycloramphus parvulus | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus rhyakonastes | Cycloramphus | segura ou pouco preocupante |
| Cycloramphus valae | Cycloramphus | espécie em perigo crítico |
| Cylistella cuprea | Cylistella | — |
| Cynometra marleneae | Cynometra | espécie ameaçada |
 Cyriocosmus bertae | Cyriocosmus | — |
| Cyriocosmus chicoi | Cyriocosmus | — |
| Cyriocosmus fasciatus | Cyriocosmus | — |
| Cyriocosmus fernandoi | Cyriocosmus | — |
| Cyriocosmus nogueiranetoi | Cyriocosmus | — |
| Cyrtopholis meridionalis | Cyrtopholis | — |
| Cyrtopholis palmarum | Cyrtopholis | — |
| Cyrtopholis schmidti | Cyrtopholis | — |
| Cyrtopholis zorodes | Cyrtopholis | — |
| Cyrtopodium holstii | Cyrtopodium | — |
 Cágado-da-serra | Hydromedusa | espécie vulnerável |