 Haddadus | Craugastoridae | — |
| Haddadus binotatus | Haddadus | segura ou pouco preocupante |
| Harmonicon rufescens | Harmonicon | — |
| Heliconius astraea | Heliconius | — |
 Heliconius besckei | Heliconius | — |
 Heliconius nattereri | Heliconius | espécie em perigo crítico |
| Helicops modestus | Helicops | segura ou pouco preocupante |
| Helicops trivittatus | Helicops | segura ou pouco preocupante |
 Hemidactylus agrius | Hemidactylus | segura ou pouco preocupante |
| Henriettea saldanhaei | Henriettea | — |
| Hermachura leuderwaldti | Hermachura | — |
| Hetaerina dutati | Hetaerina | espécie em perigo crítico |
 Heterodactylus | Gymnophthalminae | — |
| Heterodactylus imbricatus | Heterodactylus | segura ou pouco preocupante |
| Heteropterys bahiensis | Heteropterys | — |
| Heteropterys capixaba | Heteropterys | — |
| Heteropterys megaptera | Heteropterys | — |
| Heteropterys oberdanii | Heteropterys | — |
| Heteropterys perplexa | Heteropterys | — |
 Hetschkia gracilis | Hetschkia | — |
| Hoffmannseggella munchowiana | Hoffmannseggella | — |
| Holoaden | Holoadeninae | — |
 Holoaden luederwaldti | Holoaden | Espécie quase ameaçada |
| Homoeomma nigrum | Homoeomma | — |
 Houlletia brocklehurstiana | Houlletia | — |
| Huberia espiritosantensis | Huberia | — |
| Humiriastrum spiritu-sancti | Humiriastrum | — |
 Huntleya meleagris | Huntleya | — |
| Huperzia biformis | Huperzia | — |
| Huperzia fontinaloides | Huperzia | — |
| Huperzia quadrifariata | Huperzia | — |
 Hylodes | Hylodidae | — |
 Hylodes asper | Hylodes | segura ou pouco preocupante |
| Hylodes babax | Hylodes | Espécie quase ameaçada |
| Hylodes cardosoi | Hylodes | segura ou pouco preocupante |
 Hylodes heyeri | Hylodes | segura ou pouco preocupante |
| Hylodes lateristrigatus | Hylodes | segura ou pouco preocupante |
| Hylodes magalhaesi | Hylodes | espécie ameaçada |
 Hylodes nasus | Hylodes | segura ou pouco preocupante |
| Hylodes regius | Hylodes | espécie em perigo crítico |
 Hylodes sazima | Hylodes | espécie vulnerável |
 Hylomantis | phyllomedusinae | — |
 Hylopezus ochroleucus | Hylopezus | segura ou pouco preocupante |
| Hypolytrum paraense | Hypolytrum | — |
| Hypothyris daphnis | Hypothyris | — |
| Hypsiboas bandeirantes | Hypsiboas | — |
 Hypsiboas bischoffi | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas buriti | Hypsiboas | espécie ameaçada |
 Hypsiboas exastis | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas goianus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas guentheri | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas leptolineatus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
| Hypsiboas leucocheilus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas lundii | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas marginatus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas paranaiba | Hypsiboas | — |
 Hypsiboas pardalis | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas polytaenius | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas pombali | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas prasinus | Hypsiboas | — |
 Hypsiboas semiguttatus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
 Hypsiboas semilineatus | Hypsiboas | segura ou pouco preocupante |
| Hyptidendron asperrimum | Hyptidendron | segura ou pouco preocupante |