| Espécie | Táxon superior | Estado de conservação (UICN) |
|---|---|---|
| Jacaranda carajasensis | Jacaranda | — |
| Jacaranda egleri | Jacaranda | — |
 Jacaranda ulei | Jacaranda | — |
 Jatropha mollissima mollissima | Jatropha mollissima | — |
 João-botina-da-mata | Phacellodomus | segura ou pouco preocupante |
| Juliomys rimofrons | Juliomys | Espécie quase ameaçada |
| Justicia clausseniana | Justicia | — |
| Justicia tijucensis | Justicia | — |
| Justicia wasshauseniana | Justicia | — |