| Ocotea kostermanniana | Ocotea | espécie ameaçada |
| Odo blumenauensis | Odo | — |
| Odo obscurus | Odo | — |
| Odo pulcher | Odo | — |
| Odo serrimanus | Odo | — |
| Odo similis | Odo | — |
 Odo vittatus | Odo | — |
 Odontophrynus carvalhoi | Odontophrynus | segura ou pouco preocupante |
 Odontophrynus cultripes | Odontophrynus | segura ou pouco preocupante |
| Odontophrynus salvatori | Odontophrynus | — |
| Ogulnius clarus | Ogulnius | — |
| Oleria synnova | Oleria | — |
| Olios albus | Olios | — |
| Oncidium kautskyi | Oncidium | — |
| Oncidium majevskyi | Oncidium | — |
| Oncidium schwambachii | Oncidium | — |
| Onofre | Salticidae | — |
| Onofre sibilans | Onofre | — |
| Orfeo | Linyphiidae | — |
 Ornithophora radicans | Ornithophora | — |
 Ortalis ruficeps | Ortalis | — |
| Osericta dives | Osericta | — |
| Osoriella domingos | Osoriella | — |
| Osteocephalus subtilis | Osteocephalus | segura ou pouco preocupante |
| Otiothops helena | Otiothops | — |
| Otiothops hoeferi | Otiothops | — |
| Otiothops platnicki | Otiothops | — |
| Oxandra reticulata | Oxandra | segura ou pouco preocupante |