| Macairea cuieirasii | Macairea | espécie ameaçada |
 Macrogenioglottus alipioi | Macrogenioglottus | segura ou pouco preocupante |
| Macrotorus utriculatus | Macrotorus | — |
| Macutula | Salticidae | — |
| Maeota dichrura | Maeota | — |
| Magnichela santaremensis | Magnichela | — |
| Mago intentus | Mago | — |
| Magulla | Terafosídeos | — |
| Manilkara excelsa | Manilkara | espécie vulnerável |
| Marlierea sucrei | Marlierea | — |
| Mascagnia chlorocarpa | Mascagnia | — |
| Masdevallia discoidea | Masdevallia | — |
| Mastigoceras camponoti | Mastigoceras | — |
| Mastigoproctus brasilianus | Mastigoproctus | — |
| Mastigoproctus butleri | Mastigoproctus | — |
| Matourea caparaoensis | Matourea | — |
| Matta angelomachadoi | Matta | — |
| Maxillaria elluziae | Maxillaria | — |
| Maxillaria phoenicanthera | Maxillaria | — |
| Maxillaria robusta | Maxillaria | — |
| Maxillaria schunkeana | Maxillaria | — |
| Medionops claudiae | Medionops | — |
| Medionops murici | Medionops | — |
| Medionops ramirezi | Medionops | — |
 Megaelosia | Hylodidae | — |
 Megaelosia apuana | Megaelosia | — |
| Megaelosia goeldii | Megaelosia | segura ou pouco preocupante |
 Melanophryniscus dorsalis | Melanophryniscus | segura ou pouco preocupante |
 Melanophryniscus moreirae | Melanophryniscus | Espécie quase ameaçada |
 Melanophryniscus simplex | Melanophryniscus | segura ou pouco preocupante |
| Melanophryniscus tumifrons | Melanophryniscus | segura ou pouco preocupante |
| Melychiopharis | Araneidae | — |
| Melychiopharis cynips | Melychiopharis | — |
| Memphis hirta | Memphis | — |
| Memphis otrere | Memphis | — |
| Meriania calophylla | Meriania | espécie ameaçada |
| Meriania tetramera | Meriania | segura ou pouco preocupante |
| Merianthera burlemarxii | Merianthera | — |
| Merianthera pulchra | Merianthera | — |
 Mesoclemmys hogei | Mesoclemmys | espécie em perigo crítico |
| Mesoclemmys perplexa | Mesoclemmys | — |
 Mesoclemmys tuberculata | Mesoclemmys | — |
| Metacleocnemis borgmeyeri | Metacleocnemis | — |
| Metadiaea fidelis | Metadiaea | — |
| Methona singularis | Methona | — |
 Methona themisto | Methona | — |
| Metzgeria psilocraspeda | Metzgeria | — |
 Micrablepharus atticolus | Micrablepharus | segura ou pouco preocupante |
| Microcaecilia marvaleewakeae | Microcaecilia | — |
| Microcaecilia rochai | Microcaecilia | segura ou pouco preocupante |
| Micrurus brasiliensis | Micrurus | segura ou pouco preocupante |
 Micrurus decoratus | Micrurus | segura ou pouco preocupante |
| Mikania biformis | Mikania | — |
| Mikania microdonta | Mikania | — |
| Mimetus brasilianus | Mimetus | — |
| Mimetus debilispinis | Mimetus | — |
| Mimetus melanoleucus | Mimetus | — |
| Mimetus penicillatus | Mimetus | — |
 Mimoides protodamas | Mimoides | — |
| Mimosa acutistipula | Mimosa | — |
| Mimosa acutistipula var. ferrea | Mimosa acutistipula | — |
| Mimosa capito | Mimosa | Espécie quase ameaçada |
| Mimosa myuros | Mimosa | espécie ameaçada |
| Mimosa rheiptera | Mimosa | espécie ameaçada |
| Mimosiphonops | Caeciliidae | — |
| Mimosiphonops reinhardti | Mimosiphonops | dados insuficientes |
| Misionella aikewara | Misionella | — |
| Misionella pallida | Misionella | — |
 Mocó | Kerodon | dados insuficientes |
 Mocó | Kerodon | segura ou pouco preocupante |
| Molitorosa molitor | Molitorosa | — |
| Mollinedia glabra | Mollinedia | espécie vulnerável |
| Monodelphis iheringi | Monodelphis | dados insuficientes |
| Mopiopia comatula | Mopiopia | — |
 Muriqui-do-norte | Brachyteles | espécie em perigo crítico |
 Muriqui-do-sul | Brachyteles | espécie em perigo crítico |
| Mussurana montana | Mussurana | segura ou pouco preocupante |
 Myersiella microps | Myersiella | segura ou pouco preocupante |
| Myrcia colpodes | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia morroqueimadensis | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia neoestrellensis | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia revoluta | Myrcia | espécie em perigo crítico |
| Myrcia sucrei | Myrcia | espécie vulnerável |
| Myrciaria leucadendron | Myrciaria | espécie em perigo crítico |
| Myrmarachne penicillata | Myrmarachne | — |
| Myrmecium rufum | Myrmecium | — |
| Myrmotherula fluminensis | Myrmotherula | — |
 Mãe-de-taoca-papuda | Rhegmatorhina | segura ou pouco preocupante |