 Sagui-de-schneider | Mico | espécie ameaçada |
 Sagui-de-tufos-pretos | Callithrix | segura ou pouco preocupante |
| Saitis cyanipes | Saitis | — |
| Saitis marcusi | Saitis | — |
| Saitis nanus | Saitis | — |
 Salvator duseni | Salvator | segura ou pouco preocupante |
| Salvia fruticetorum | Salvia | — |
| Sampaiosia crulsi | Sampaiosia | — |
 Sapo-Folha-da-Mata-Atlântica | Rhinella | segura ou pouco preocupante |
 Sapo-pulga | Brachycephalus | segura ou pouco preocupante |
 Saracura-do-mangue | Aramides | segura ou pouco preocupante |
| Saranthe klotzschiana | Saranthe | — |
| Sarbia antias | Sarbia | — |
| Sarbia catomelaena | Sarbia | — |
| Sarbia curitiba | Sarbia | — |
 Sarbia damippe | Sarbia | — |
| Sarbia pertyi | Sarbia | — |
| Sarbia soza | Sarbia | — |
| Sarbia xanthippe | Sarbia | — |
| Sarindoides violaceus | Sarindoides | — |
 Saíra-dourada | Tangara | segura ou pouco preocupante |
 Saíra-lagarta | Tangara | segura ou pouco preocupante |
 Saíra-sapucaia | Tangara | espécie vulnerável |
| Schaenicoscelis elegans | Schaenicoscelis | — |
| Schaueria litoralis | Schaueria | — |
| Schaueria lophura | Schaueria | — |
| Schefflera varisiana | Schefflera | — |
 Schistosoma mansoni | Schistosoma | — |
| Schradera brasiliensis | Schradera | segura ou pouco preocupante |
 Schultesia guianensis | Schultesia | — |
| Sciadotenia acutifolia | Sciadotenia | — |
| Scinax agilis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax alter | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax argyreornatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax atratus | Scinax | dados insuficientes |
 Scinax auratus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax camposseabrai | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax cardosoi | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax catharinae | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax centralis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax constrictus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax cretatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax crospedospilus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax cuspidatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax eurydice | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax flavoguttatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax hayii | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax hiemalis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax humilis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax imbegue | Scinax | — |
 Scinax juncae | Scinax | — |
 Scinax littoralis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax melanodactylus | Scinax | — |
| Scinax obtriangulatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax pachycrus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax perpusillus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
 Scinax rogerioi | Scinax | — |
 Scinax similis | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax tigrinus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scinax tripui | Scinax | — |
 Scinax tymbamirim | Scinax | — |
| Scinax v-signatus | Scinax | segura ou pouco preocupante |
| Scythrophrys sawayae | Scythrophrys | segura ou pouco preocupante |
| Scytodes iara | Scytodes | — |
| Selenops kikay | Selenops | — |
| Selenops manzanoae | Selenops | — |
| Selenops melanurus | Selenops | — |
| Selenops ximenae | Selenops | — |
| Selimus venustus | Selimus | — |
| Semnolius chrysotrichus | Semnolius | — |
| Semora napaea | Semora | — |
| Senecio graciellae | Senecio | — |
| Senoculus albidus | Senoculus | — |
| Senoculus cambridgei | Senoculus | — |
| Senoculus carminatus | Senoculus | — |
| Senoculus fimbriatus | Senoculus | — |
| Senoculus iricolor | Senoculus | — |
| Senoculus minutus | Senoculus | — |
| Senoculus monastoides | Senoculus | — |
| Senoculus planus | Senoculus | — |
| Senoculus plumosus | Senoculus | — |
| Senoculus proximus | Senoculus | — |
| Senoculus ruficapillus | Senoculus | — |
| Senoculus uncatus | Senoculus | — |
| Serjania divaricocca | Serjania | — |
 Sibynomorphus neuwiedi | Sibynomorphus | — |
| Sicarius cariri | Sicarius | — |
| Sicarius diadorim | Sicarius | — |
| Sicarius jequitinhonha | Sicarius | — |
| Sicarius ornatus | Sicarius | — |
| Sicarius saci | Sicarius | — |
| Sicarius tropicus | Sicarius | — |
| Sickius longibulbi | Sickius | — |
 Siphlophis leucocephalus | Siphlophis | segura ou pouco preocupante |
| Siphlophis longicaudatus | Siphlophis | segura ou pouco preocupante |
| Siphlophis pulcher | Siphlophis | segura ou pouco preocupante |
| Siphonops hardyi | Siphonops | segura ou pouco preocupante |
| Solanum capoerum | Solanum | segura ou pouco preocupante |
 Soldadinho-do-araripe | Antilophia | espécie em perigo crítico |
| Sordellina punctata | Sordellina | segura ou pouco preocupante |
| Sparianthis boraris | Sparianthis | — |
| Sparianthis caracarai | Sparianthis | — |
| Sparianthis humaita | Sparianthis | — |
| Sparianthis juazeiro | Sparianthis | — |
| Sparianthis juruti | Sparianthis | — |
| Spelaeobochica | Bochicinae | — |
| Spelaeochernes | Chernetinae | — |
 Sphaenorhynchus caramaschii | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus orophilus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
| Sphaenorhynchus palustris | Sphaenorhynchus | dados insuficientes |
 Sphaenorhynchus planicola | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus prasinus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Sphaenorhynchus surdus | Sphaenorhynchus | segura ou pouco preocupante |
 Spintharus leverger | Spintharus | — |
 Spondias venulosa | Spondias | segura ou pouco preocupante |
 Stanhopea insignis | Stanhopea | — |
| Staurogyne carvalhoi | Staurogyne | — |
| Staurogyne nitida | Staurogyne | — |
| Stegodyphus manaus | Stegodyphus | — |
| Stemodia veronicoides | Stemodia | — |
| Stenocercus dumerilii | Stenocercus | espécie vulnerável |
| Stenocercus sinesaccus | Stenocercus | segura ou pouco preocupante |
| Stenodeza acuminata | Stenodeza | — |
| Stenolepis ridleyi | Stenolepis | segura ou pouco preocupante |
| Stenoterommata bodoquena | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata chavarii | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata egric | Stenoterommata | — |
| Stenoterommata neodiplornata | Stenoterommata | — |
 Stephanoxis lalandi | Stephanoxis | segura ou pouco preocupante |
 Stereocyclops | Microhylidae | — |
 Stereocyclops incrassatus | Stereocyclops | segura ou pouco preocupante |
| Stereocyclops parkeri | Stereocyclops | segura ou pouco preocupante |
| Sternarchorhynchus britskii | Sternarchorhynchus | dados insuficientes |
| Sternarchorhynchus mesensis | Sternarchorhynchus | segura ou pouco preocupante |
| Stigmatodon funebris | Stigmatodon | — |
| Stigmatodon harrylutheri | Stigmatodon | — |
| Stigmatodon plurifolius | Stigmatodon | — |
| Stillingia loranthacea | Stillingia | espécie ameaçada |
 Strephonota elika | Strephonota | — |
| Strephonota perola | Strephonota | — |
 Strobilurus torquatus | Strobilurus | segura ou pouco preocupante |
 Stromanthe porteana | Stromanthe | — |
| Stropharia acanthocystis | Stropharia | espécie vulnerável |
| Stropharia araucariae | Stropharia | espécie vulnerável |
| Stropharia coelhoi | Stropharia | espécie vulnerável |
 Sudamerlycaste rossyi | Sudamerlycaste | — |
| Syagrus insignis | Syagrus | — |
 Symmachia aconia | Symmachia | — |
| Symmachia almeidai | Symmachia | — |
| Symmachia arcuata | Symmachia | — |
 Symmachia batesi | Symmachia | — |
| Symmachia elinas | Symmachia | — |
| Symmachia eraste | Symmachia | — |
| Symmachia exigua | Symmachia | — |
| Symmachia hippodice | Symmachia | — |
| Symmachia nemesis | Symmachia | — |
| Symphytognatha carstica | Symphytognatha | — |
| Synaemops nigridorsi | Synaemops | — |
| Synotaxus bonaldoi | Synotaxus | — |
| Synotaxus brescoviti | Synotaxus | — |
| Synotaxus itabaiana | Synotaxus | — |
| Synotaxus longicaudatus | Synotaxus | — |
| Synotaxus siolii | Synotaxus | — |
| Syntrechalea brasilia | Syntrechalea | — |
| Syntrechalea robusta | Syntrechalea | — |