 Parque Estadual Serra do Aracá | parque natural | Barcelos | 18.703 km² |
 Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá | patrimônio natural | Tefé | 13.199 km² |
 Reserva Biológica do Uatumã | Reserva Biológica | Presidente Figueiredo | 9.386 km² |
| Reserva Extrativista Chico Mendes | Reserva Extrativista | Brasiléia | 9.310 km² |
| Reserva Extrativista do Alto Juruá | Reserva Extrativista | — | 5.378 km² |
 Reserva Extrativista Alto Juruá | Reserva Extrativista | Acre | 5.377 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Cajari | Reserva Extrativista | — | 5.324 km² |
 Reserva Extrativista Rio Cajari | Reserva Extrativista | Amapá | 5.324 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Presidente Figueiredo - Caverna do Moroaga | Área de Proteção Ambiental | Manaus | 4.086 km² |
 Área de Proteção Ambiental Caverna do Maroaga | Área de Proteção Ambiental | Presidente Figueiredo | 3.747 km² |
| Parque Estadual de Guajará-Mirim | parque estadual | Rondônia | 2.050 km² |
 Reserva Extrativista Rio Ouro Preto | Reserva Extrativista | Rondônia | 2.046 km² |
| Área de Proteção Ambiental Nhamundá | Área de Proteção Ambiental | Nhamundá | 2.016 km² |
| Reserva Extrativista do Rio Ouro Preto | Reserva Extrativista | — | 1.840 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado do Rio Machado | floresta etadual | — | 1.758 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado do Rio Machado | floresta estadual | Rondônia | 1.758 km² |
 Área de Proteção Ambiental Morro da Pedreira | Área de Proteção Ambiental | Itabira | 1.318 km² |
| Estação Ecológica Serra dos Três Irmãos | Estação Ecológica | Porto Velho | 890 km² |
| Área de Proteção Ambiental Serra da Tabatinga | Área de Proteção Ambiental | Barreiras do Piauí | 418 km² |
| Área de Proteção Ambiental Piquiri-Una | Área de Proteção Ambiental | Pedro Velho | 413 km² |
 Reserva Biológica Morro dos Seis Lagos | Reserva Biológica | São Gabriel da Cachoeira | 383 km² |
 Área de Proteção Ambiental Carste de Lagoa Santa | Área de Proteção Ambiental | Funilândia | 377 km² |
| Parque Estadual de Corumbiara | parque estadual | Cerejeiras | 353 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Serra de Baturité | Área de Proteção Ambiental | Redenção | 302 km² |
 Reserva Biológica Marinha do Arvoredo | Reserva Biológica | Bombinhas | 168 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Lageado | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Dois Irmãos do Buriti | 126 km² |
 Estação Ecológica de Tamoios | Estação Ecológica | Paraty | 84,7 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Bacia do Rio dos Frades | Área de Proteção Ambiental | Teresópolis | 68,8 km² |
| Área de Proteção Ambiental da Serra de Sapiatiba | Área de Proteção Ambiental | São Pedro da Aldeia | 59,6 km² |
 Parque Estadual da Graciosa | parque estadual | Morretes | 50 km² |
 Área de Proteção Ambiental Serra São José | Área de Proteção Ambiental | Minas Gerais | 46,5 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado Rio Vermelho (c) | floresta etadual | — | 41,0 km² |
| Floresta Estadual de Rendimento Sustentado Rio Vermelho (C) | floresta estadual | Rondônia | 41,0 km² |
| Reserva Biológica Guaribas | Reserva Biológica | Rio Tinto | 40,5 km² |
| Reserva Biológica Traçadal | Reserva Biológica | Guajará-Mirim | 38,4 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Almas | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São José dos Cordeiros | 35,0 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Vereda Grande | Reserva Particular do Patrimônio Natural | — | 31,3 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Vereda Grande S/A | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Minas Gerais | 29,9 km² |
 Floresta Nacional de Rio Preto | Floresta Nacional | Conceição da Barra | 28,2 km² |
 Área de Proteção Ambiental de Algodoal-Maiandeua | Área de Proteção Ambiental | Maracanã | 23,8 km² |
 Parque Estadual do Pico Marumbi | parque estadual | Quatro Barras | 23,4 km² |
| Reserva Biológica Rio Ouro Preto | Reserva Biológica | Guajará-Mirim | 20,7 km² |
 Reserva de Desenvolvimento Sustentável do Aventureiro | Reserva de Desenvolvimento Sustentável | Angra dos Reis | 19 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Caraguatá III | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 18,5 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Cerrado Pé de Gigante | Área de Relevante Interesse Ecológico | São Paulo | 12,0 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Cerrado Pé-de-gigante | Área de Relevante Interesse Ecológico | — | 12,0 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Reserva do Caraguatá I | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Santa Catarina | 9 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Santa Clara | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São João do Cariri | 7,51 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Avaí | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Bahia | 4,69 km² |
| Reserva Biológica São Camilo | Reserva Biológica | Palotina | 3,87 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Morrinhos | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Queimadas | 2,99 km² |
| Floresta Estadual do Passa Dois | floresta etadual | — | 2,53 km² |
| Floresta Estadual do Passa Dois | floresta estadual | Paraná | 2,53 km² |
| Apa da Prainha | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 1,57 km² |
 Parque Estadual Paulo César Vinha | parque estadual | Guarapari | 1,57 km² |
| Barreiro das Antas | Área de Proteção Ambiental | São Geraldo do Araguaia | 1,53 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico Buriti de Vassununga | Área de Relevante Interesse Ecológico | Santa Rita do Passa Quatro | 1,51 km² |
| Apa do Morro do Leme | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 1,24 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Coqueiros | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Simões Filho | 0,87 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico do Buriti | Área de Relevante Interesse Ecológico | Paraná | 0,83 km² |
 Área de Proteção Ambiental da Prainha | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,80 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico da Cabeça do Cachorro | Área de Relevante Interesse Ecológico | São Pedro do Iguaçu | 0,58 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico de São Domingos | Área de Relevante Interesse Ecológico | Roncador | 0,40 km² |
| Área de Proteção Ambiental do Morro do Leme | Área de Proteção Ambiental | Rio de Janeiro | 0,35 km² |
| Área de Relevante Interesse Ecológico da Serra do Tigre | Área de Relevante Interesse Ecológico | Mallet | 0,34 km² |
 Reserva Particular do Patrimônio Natural Fazenda Vagafogo Boa Vista | Reserva Particular do Patrimônio Natural | Pirenópolis | 0,17 km² |
| Reserva Particular do Patrimônio Natural Sítio Jaquarema | Reserva Particular do Patrimônio Natural | São José de Ribamar | 0,08 km² |